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- PDB-7ci1: Crystal structure of AcrVA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ci1
タイトルCrystal structure of AcrVA2
要素AcrVA2
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / CRISPR-Cas / AcrVA2 / Cpf1 / Cas12a / MbCpf1 / MbCas12a / MbCprf1 / anti-CRISPR / Acr
機能・相同性SPERMIDINE
機能・相同性情報
生物種Moraxella bovoculi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, P. / Cheng, Z. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91440201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700662 中国
引用ジャーナル: Prog.Biochem.Biophys. / 年: 2021
タイトル: Structural Study on Anti-CRISPR Protein AcrVA2
著者: Chen, P. / Sun, W. / Cheng, Z. / Yang, J. / Wang, M. / Wang, J. / Chen, H. / Liu, L. / Wang, Y.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年12月30日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.32021年1月13日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.42021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.52024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AcrVA2
B: AcrVA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,75414
ポリマ－73,7602
非ポリマー99412
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area29420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)84.287, 84.287, 264.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 2 or resid 4...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 2 or resid 4...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERHISA1 - 3
d_12ens_1THRASPA5 - 188
d_13ens_1GLYLYSA190 - 234
d_14ens_1THRVALA236 - 258
d_15ens_1ARGILEA262 - 266
d_16ens_1HISALAA270 - 298
d_21ens_1SERHISD1 - 3
d_22ens_1THRASPD7 - 190
d_23ens_1GLYLYSD192 - 236
d_24ens_1THRVALD238 - 260
d_25ens_1ARGILED264 - 268
d_26ens_1HISALAD271 - 299

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要素

#1: タンパク質 AcrVA2


分子量: 36879.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moraxella bovoculi (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.085 M Hepes pH7.5, 1.7% PEG400, 1.7 M (NH4)2SO4, 15% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 46743 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 26.65 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.862 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2349 / CC1/2: 0.649 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 0.93 / Χ2: 0.843 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.97 Å / SU ML: 0.2908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 27.7577
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 2002 4.97 %
Rwork0.2292 38303 -
obs0.2303 40305 86.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4655 0 66 135 4856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0184862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.69046590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2403714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.24161725
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.546282394432 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.3093610.25741080X-RAY DIFFRACTION34.52
2.36-2.430.2886670.2611465X-RAY DIFFRACTION45.87
2.43-2.50.3106940.28231837X-RAY DIFFRACTION57.83
2.5-2.580.26791130.28132399X-RAY DIFFRACTION76.05
2.58-2.670.2681780.2782976X-RAY DIFFRACTION95.06
2.67-2.780.30761600.27463179X-RAY DIFFRACTION99.61
2.78-2.90.28011920.2553166X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.060.27531400.26063165X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.250.3051840.24223169X-RAY DIFFRACTION99.97
3.25-3.50.24981380.22993197X-RAY DIFFRACTION99.97
3.5-3.850.22311560.21273192X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.410.18561710.19473143X-RAY DIFFRACTION99.94
4.41-5.550.22241760.19293161X-RAY DIFFRACTION99.88
5.55-48.970.26251720.2123174X-RAY DIFFRACTION99.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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