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- PDB-7chd: AtaT complexed with acetyl-methionyl-tRNAfMet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7chd
タイトルAtaT complexed with acetyl-methionyl-tRNAfMet
要素
  • N-acetyltransferase domain-containing protein
  • RNA (77-MER)
キーワードTRANSFERASE / Acetyltranferase / TOXIN
機能・相同性Acetyltransferase (GNAT) domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / RNA / RNA (> 10) / N-acetyltransferase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.804 Å
データ登録者Yashiro, Y. / Tomita, K.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)LS136 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03980 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)26113002 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K16069 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mechanism of aminoacyl-tRNA acetylation by an aminoacyl-tRNA acetyltransferase AtaT from enterohemorrhagic E. coli.
著者: Yashiro, Y. / Sakaguchi, Y. / Suzuki, T. / Tomita, K.
履歴
登録2020年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年11月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-acetyltransferase domain-containing protein
B: N-acetyltransferase domain-containing protein
C: N-acetyltransferase domain-containing protein
D: N-acetyltransferase domain-containing protein
E: N-acetyltransferase domain-containing protein
F: N-acetyltransferase domain-containing protein
G: N-acetyltransferase domain-containing protein
H: N-acetyltransferase domain-containing protein
I: RNA (77-MER)
J: RNA (77-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,31210
ポリマ－216,31210
非ポリマー00
水00
1
G: N-acetyltransferase domain-containing protein
I: RNA (77-MER)

G: N-acetyltransferase domain-containing protein
I: RNA (77-MER)


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, We confirmed the protein dimer formation by gel-filtration., native gel electrophoresis, The RNA molecule is a known substrate for the protein enzyme. Also, we observed ...根拠: gel filtration, We confirmed the protein dimer formation by gel-filtration., native gel electrophoresis, The RNA molecule is a known substrate for the protein enzyme. Also, we observed binding of the protein to the RNA by electrophoretic mobility shift assay.
  • 91.3 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3274
ポリマ－91,3274
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area9890 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area39730 Å2
手法PISA
2
H: N-acetyltransferase domain-containing protein
J: RNA (77-MER)

H: N-acetyltransferase domain-containing protein
J: RNA (77-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3274
ポリマ－91,3274
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area9730 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area38770 Å2
手法PISA
3
A: N-acetyltransferase domain-containing protein
B: N-acetyltransferase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6622
ポリマ－41,6622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
4
C: N-acetyltransferase domain-containing protein
D: N-acetyltransferase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6622
ポリマ－41,6622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
5
E: N-acetyltransferase domain-containing protein
F: N-acetyltransferase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6622
ポリマ－41,6622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)269.830, 68.280, 136.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))
21(chain B and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))
31(chain C and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))
41(chain D and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))
51(chain E and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))
61(chain F and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))
71(chain G and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))
81(chain H and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))
12chain I
22chain J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRLEULEU(chain A and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))AA5 - 645 - 64
121GLYGLYTHRTHR(chain A and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))AA66 - 17266 - 172
211THRTHRLEULEU(chain B and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))BB5 - 645 - 64
221GLYGLYTHRTHR(chain B and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))BB66 - 17266 - 172
311THRTHRLEULEU(chain C and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))CC5 - 645 - 64
321GLYGLYTHRTHR(chain C and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))CC66 - 17266 - 172
411THRTHRLEULEU(chain D and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))DD5 - 645 - 64
421GLYGLYTHRTHR(chain D and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))DD66 - 17266 - 172
511THRTHRLEULEU(chain E and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))EE5 - 645 - 64
521GLYGLYTHRTHR(chain E and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))EE66 - 17266 - 172
611THRTHRLEULEU(chain F and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))FF5 - 645 - 64
621GLYGLYTHRTHR(chain F and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))FF66 - 17266 - 172
711THRTHRLEULEU(chain G and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))GG5 - 645 - 64
721GLYGLYTHRTHR(chain G and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))GG66 - 17266 - 172
811THRTHRLEULEU(chain H and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))HH5 - 645 - 64
821GLYGLYTHRTHR(chain H and (resid 5 through 64 or resid 66 through 172))HH66 - 17266 - 172
112CCCCchain III1 - 741 - 75
212CCCCchain JJJ1 - 741 - 75

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
N-acetyltransferase domain-containing protein


分子量: 20830.770 Da / 分子数: 8 / 変異: G108D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: Z4832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XED1
#2: RNA鎖 RNA (77-MER)


分子量: 24832.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes 6.8, 0.2M Sodium formate, 10% PEG3350, 0.5% Jeffemine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→48.214 Å / Num. obs: 25540 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.161 % / Biso Wilson estimate: 127.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.441 / Rrim(I) all: 0.449 / Χ2: 0.661 / Net I/σ(I): 8.36 / Num. measured all: 668160 / Scaling rejects: 76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.8-3.926.1853.4161.2547473183218130.4683.48399
3.9-4.0127.3972.9581.650384183918390.6323.013100
4.01-4.1327.7152.6191.7947891172817280.7312.667100
4.13-4.2527.141.9352.5147223174017400.8271.972100
4.25-4.3927.0721.2893.5544480164316430.9171.313100
4.39-4.5526.2171.064.2342471162016200.9351.081100
4.55-4.7225.1560.8924.7338488153015300.9410.911100
4.72-4.9126.6330.8015.5440909153715360.9560.81799.9
4.91-5.1325.5950.7415.7936064140914090.9580.756100
5.13-5.3827.6270.7226.2538512139413940.9710.735100
5.38-5.6727.2340.5997.536384133613360.9810.611100
5.67-6.0126.9840.5468.0333163123012290.9840.55699.9
6.01-6.4326.1190.5028.2831056118911890.9840.512100
6.43-6.9524.2130.35610.4427070111811180.9920.364100
6.95-7.6124.9850.25913.3325810103310330.9960.264100
7.61-8.5125.8380.15220.18242629399390.9990.155100
8.51-9.8225.630.09728.61211458258250.9990.099100
9.82-12.0324.030.07135.93170857117110.9990.072100
12.03-17.0121.1860.05837.691239458558510.06100
17.01-48.21418.2540.08331.78589634232310.08694.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GTP

6gtp


解像度: 3.804→48.214 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.35 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: N-acetylmethionine was covalently attached to 3'O of A76 (aminoacylation), although the electron density for C75A76-acetylmethionine was not observed, thus not included in the model.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3409 1273 4.99 %
Rwork0.2862 24215 -
obs0.2892 25488 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 259.16 Å2 / Biso mean: 139.9518 Å2 / Biso min: 45.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.804→48.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10966 3206 0 0 14172
残基数----1528
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6501X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
12B6501X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
13C6501X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
14D6501X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
15E6501X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
16F6501X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
17G6501X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
18H6501X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
21I1794X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
22J1794X-RAY DIFFRACTION9.811TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.8041-3.95630.45671360.399260099
3.9563-4.13630.39361400.36432643100
4.1363-4.35420.38651400.3152656100
4.3542-4.62680.38061400.29562670100
4.6268-4.98370.35391400.28572653100
4.9837-5.48460.33811420.27962690100
5.4846-6.27680.35961420.2782714100
6.2768-7.90250.33121430.29272722100
7.9025-48.210.28711500.2422286799

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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