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万見
- PDB-7cfv: Solution NMR structure of DnaX mini intein from Spirulina platensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfv
タイトルSolution NMR structure of DnaX mini intein from Spirulina platensis
要素Spl DnaX mini-intein
キーワードSPLICING / Spl DnaX / Intein / Protein splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / intein-mediated protein splicing / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, subunit gamma/ tau, N-terminal / DNA polymerase III, gamma subunit, domain III / DNA polymerase III subunits gamma and tau domain III / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. ...DNA polymerase III, subunit gamma/ tau, N-terminal / DNA polymerase III, gamma subunit, domain III / DNA polymerase III subunits gamma and tau domain III / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit gamma/tau
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrospira platensis C1 (バクテリア)
手法溶液NMR / Explicit water refined
データ登録者Boral, S. / Lee, W. / De, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)ECR/2016/000847 インド
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural, Dynamic, and Functional Characterization of a DnaX Mini-intein Derived from Spirulina platensis Provides Important Insights into Intein-Mediated Catalysis of Protein Splicing.
著者: Boral, S. / Maiti, S. / Basak, A.J. / Lee, W. / De, S.
履歴
登録2020年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spl DnaX mini-intein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8101
ポリマ－15,8101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Spl DnaX mini-intein / DNA polymerase III subunit gamma/tau


分子量: 15809.870 Da / 分子数: 1 / 変異: C2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira platensis C1 (バクテリア)
遺伝子: dnaX, SPLC1_S033200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: K1XG21, DNA-directed DNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
132isotropic12D 1H-13C HSQC
143isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic13D 1H-15N TOCSY
162isotropic13D 1H-15N TOCSY
172isotropic13D CBCA(CO)NH
182isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D HNCO
1102isotropic13D HNCA
1112isotropic13D HN(CA)CO
1122isotropic13D C(CO)NH
1132isotropic13D H(CCO)NH
1142isotropic13D HBHA(CO)NH
1152isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1162isotropic13D 1H-15N NOESY
1172isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-100% 15N] Spl DnaX mini-intein, 93% H2O/7% D2O15N_sample93% H2O/7% D2O
solution20.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Spl DnaX mini-intein, 93% H2O/7% D2O13C_15N_sample93% H2O/7% D2O
solution30.8 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] Spl DnaX mini-intein, 93% H2O/7% D2O10%13C_15N_sample93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMSpl DnaX mini-intein[U-100% 15N]1
0.7 mMSpl DnaX mini-intein[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.8 mMSpl DnaX mini-intein[U-10% 13C; U-100% 15N]3
試料状態詳細: 20 mM sodium phosphate; 50 mM sodium chloride; 0.02 % sodium azide
イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRFAM-SPARKYWoonghee Leechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PONDEROSAWoonghee Leestructure calculation
PONDEROSALee, W., Stark, J.L., and Markley, J.L.精密化
NMRFAM-SPARKYLee, W., Tonelli, M., and Markley, J.L.peak picking
精密化手法: Explicit water refined / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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