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- PDB-7cfu: Crystal Structure of FMN-dependent Cysteine Decarboxylases SpaF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfu
タイトルCrystal Structure of FMN-dependent Cysteine Decarboxylases SpaF
要素DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / FMN-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sparsogenes DSM 40356 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Li, J. / Lu, J. / Wang, H. / Zhu, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization of FMN-dependent Cysteine Decarboxylases SPAF
著者: Lu, J. / Li, J. / Zhu, J. / Wang, H.
履歴
登録2020年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
S: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
H: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
P: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
A: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
B: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
C: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
D: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
E: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
G: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
I: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
J: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
K: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
L: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
M: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
N: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
O: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
Q: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
R: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
T: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
U: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
V: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
W: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
X: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,29949
ポリマ－528,17124
非ポリマー11,12725
水31,0401723
1
F: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
S: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
H: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
P: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
D: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
E: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
G: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
L: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
M: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
N: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
T: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
U: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,73725
ポリマ－264,08612
非ポリマー5,65113
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41140 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area67870 Å2
手法PISA
2
A: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
B: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
C: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
I: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
J: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
K: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
V: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
W: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
X: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
ヘテロ分子

O: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
Q: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
R: DNA/pantothenate metabolism flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,56224
ポリマ－264,08612
非ポリマー5,47612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area41040 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area67810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.629, 189.609, 185.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161
171
181
191
201
211
221
231
241

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAILEILE(chain 'A' and (resid 18 through 34 or (resid 35...AE18 - 17218 - 172
12PROPROALAALA(chain 'A' and (resid 18 through 34 or (resid 35...AE181 - 199181 - 199
13FMNFMNFMNFMN(chain 'A' and (resid 18 through 34 or (resid 35...ADA301
21ALAALAILEILE(chain 'B' and (resid 18 through 34 or (resid 35...BF18 - 17218 - 172
22PROPROALAALA(chain 'B' and (resid 18 through 34 or (resid 35...BF181 - 199181 - 199
23FMNFMNFMNFMN(chain 'B' and (resid 18 through 34 or (resid 35...BEA301
31ALAALAILEILE(chain 'C' and (resid 18 through 34 or (resid 35...CG18 - 17218 - 172
32PROPROALAALA(chain 'C' and (resid 18 through 34 or (resid 35...CG181 - 199181 - 199
33FMNFMNFMNFMN(chain 'C' and (resid 18 through 34 or (resid 35...CFA301
41ALAALAILEILE(chain 'D' and (resid 18 through 34 or (resid 35...DH18 - 17218 - 172
42PROPROALAALA(chain 'D' and (resid 18 through 34 or (resid 35...DH181 - 199181 - 199
43FMNFMNFMNFMN(chain 'D' and (resid 18 through 34 or (resid 35...DGA301
51ALAALAILEILE(chain 'E' and (resid 18 through 34 or (resid 35...EI18 - 17218 - 172
52PROPROALAALA(chain 'E' and (resid 18 through 34 or (resid 35...EI181 - 199181 - 199
53FMNFMNFMNFMN(chain 'E' and (resid 18 through 34 or (resid 35...EHA301
61ALAALAILEILE(chain 'F' and (resid 18 through 34 or (resid 35...FA18 - 17218 - 172
62PROPROALAALA(chain 'F' and (resid 18 through 34 or (resid 35...FA181 - 199181 - 199
63FMNFMNFMNFMN(chain 'F' and (resid 18 through 34 or (resid 35...FY301
71ALAALAILEILE(chain 'G' and (resid 18 through 34 or (resid 35...GJ18 - 17218 - 172
72PROPROALAALA(chain 'G' and (resid 18 through 34 or (resid 35...GJ181 - 199181 - 199
73FMNFMNFMNFMN(chain 'G' and (resid 18 through 34 or (resid 35...GIA301
81ALAALAILEILE(chain 'H' and (resid 18 through 34 or (resid 35...HC18 - 17218 - 172
82PROPROALAALA(chain 'H' and (resid 18 through 34 or (resid 35...HC181 - 199181 - 199
83FMNFMNFMNFMN(chain 'H' and (resid 18 through 34 or (resid 35...HBA301
91ALAALAILEILE(chain 'I' and (resid 18 through 34 or (resid 35...IK18 - 17218 - 172
92PROPROALAALA(chain 'I' and (resid 18 through 34 or (resid 35...IK181 - 199181 - 199
93FMNFMNFMNFMN(chain 'I' and (resid 18 through 34 or (resid 35...IJA301
101ALAALAILEILE(chain 'J' and (resid 18 through 34 or (resid 35...JL18 - 17218 - 172
102PROPROALAALA(chain 'J' and (resid 18 through 34 or (resid 35...JL181 - 199181 - 199
103FMNFMNFMNFMN(chain 'J' and (resid 18 through 34 or (resid 35...JKA301
111ALAALAILEILE(chain 'K' and (resid 18 through 34 or (resid 35...KM18 - 17218 - 172
112PROPROALAALA(chain 'K' and (resid 18 through 34 or (resid 35...KM181 - 199181 - 199
113FMNFMNFMNFMN(chain 'K' and (resid 18 through 34 or (resid 35...KLA301
121ALAALAILEILE(chain 'L' and (resid 18 through 34 or (resid 35...LN18 - 17218 - 172
122PROPROALAALA(chain 'L' and (resid 18 through 34 or (resid 35...LN181 - 199181 - 199
123FMNFMNFMNFMN(chain 'L' and (resid 18 through 34 or (resid 35...LMA301
131ALAALAILEILE(chain 'M' and (resid 18 through 34 or (resid 35...MO18 - 17218 - 172
132PROPROALAALA(chain 'M' and (resid 18 through 34 or (resid 35...MO181 - 199181 - 199
133FMNFMNFMNFMN(chain 'M' and (resid 18 through 34 or (resid 35...MNA301
141ALAALAILEILE(chain 'N' and (resid 18 through 34 or (resid 35...NP18 - 17218 - 172
142PROPROALAALA(chain 'N' and (resid 18 through 34 or (resid 35...NP181 - 199181 - 199
143FMNFMNFMNFMN(chain 'N' and (resid 18 through 34 or (resid 35...NOA301
151ALAALAILEILE(chain 'O' and (resid 18 through 34 or (resid 35...OQ18 - 17218 - 172
152PROPROALAALA(chain 'O' and (resid 18 through 34 or (resid 35...OQ181 - 199181 - 199
153FMNFMNFMNFMN(chain 'O' and (resid 18 through 34 or (resid 35...OPA301
161ALAALAILEILE(chain 'P' and (resid 18 through 34 or (resid 35...PD18 - 17218 - 172
162PROPROALAALA(chain 'P' and (resid 18 through 34 or (resid 35...PD181 - 199181 - 199
163FMNFMNFMNFMN(chain 'P' and (resid 18 through 34 or (resid 35...PCA301
171ALAALAILEILE(chain 'Q' and (resid 18 through 34 or (resid 35...QR18 - 17218 - 172
172PROPROALAALA(chain 'Q' and (resid 18 through 34 or (resid 35...QR181 - 199181 - 199
173FMNFMNFMNFMN(chain 'Q' and (resid 18 through 34 or (resid 35...QQA301
181ALAALAILEILE(chain 'R' and (resid 18 through 34 or (resid 35...RS18 - 17218 - 172
182PROPROALAALA(chain 'R' and (resid 18 through 34 or (resid 35...RS181 - 199181 - 199
183FMNFMNFMNFMN(chain 'R' and (resid 18 through 34 or (resid 35...RRA301
191ALAALAILEILE(chain 'S' and (resid 18 through 200 or resid 301))SB18 - 17218 - 172
192PROPROALAALA(chain 'S' and (resid 18 through 200 or resid 301))SB181 - 199181 - 199
193ARGARGARGARG(chain 'S' and (resid 18 through 200 or resid 301))SZ301
201ALAALAILEILE(chain 'T' and (resid 18 through 34 or (resid 35...TT18 - 17218 - 172
202PROPROALAALA(chain 'T' and (resid 18 through 34 or (resid 35...TT181 - 199181 - 199
203FMNFMNFMNFMN(chain 'T' and (resid 18 through 34 or (resid 35...TSA301
211ALAALAILEILE(chain 'U' and (resid 18 through 34 or (resid 35...UU18 - 17218 - 172
212PROPROALAALA(chain 'U' and (resid 18 through 34 or (resid 35...UU181 - 199181 - 199
213FMNFMNFMNFMN(chain 'U' and (resid 18 through 34 or (resid 35...UTA301
221ALAALAILEILE(chain 'V' and (resid 18 through 34 or (resid 35...VV18 - 17218 - 172
222PROPROALAALA(chain 'V' and (resid 18 through 34 or (resid 35...VV181 - 199181 - 199
223FMNFMNFMNFMN(chain 'V' and (resid 18 through 34 or (resid 35...VUA301
231ALAALAILEILE(chain 'W' and (resid 18 through 34 or (resid 35...WW18 - 17218 - 172
232PROPROALAALA(chain 'W' and (resid 18 through 34 or (resid 35...WW181 - 199181 - 199
233FMNFMNFMNFMN(chain 'W' and (resid 18 through 34 or (resid 35...WVA301
241ALAALAILEILE(chain 'X' and (resid 18 through 34 or (resid 35...XX18 - 17218 - 172
242PROPROALAALA(chain 'X' and (resid 18 through 34 or (resid 35...XX181 - 199181 - 199
243FMNFMNFMNFMN(chain 'X' and (resid 18 through 34 or (resid 35...XWA301

-
要素

#1: タンパク質 ...
DNA/pantothenate metabolism flavoprotein / FMN-dependent Cysteine Decarboxylases SpaF


分子量: 22007.137 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sparsogenes DSM 40356 (バクテリア)
遺伝子: SPAR_40642 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1R1S5L5
#2: 化合物...
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0M NaCl, 0.1M potassium phosphate mono basic, 0.1M sodium phosphate monobasic, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.96 Å / Num. obs: 345160 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 17051 / CC1/2: 0.589

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3235精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JLS

6jls


解像度: 2.15→48.96 Å / SU ML: 0.2698 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8581 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 17287 5.02 %
Rwork0.203 327069 -
obs0.2046 344356 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30737 0 755 1723 33215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.706244061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05025185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00475514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.61118655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.170.33755900.306310774X-RAY DIFFRACTION97.05
2.17-2.20.33596210.294611035X-RAY DIFFRACTION98.84
2.2-2.230.3085690.279810943X-RAY DIFFRACTION98.72
2.23-2.250.34246220.291511060X-RAY DIFFRACTION98.58
2.25-2.280.31675910.278710885X-RAY DIFFRACTION98.73
2.28-2.320.2816020.25511038X-RAY DIFFRACTION98.85
2.32-2.350.29665810.250911017X-RAY DIFFRACTION98.9
2.35-2.380.28486220.244910930X-RAY DIFFRACTION98.52
2.38-2.420.28295930.24110995X-RAY DIFFRACTION98.35
2.42-2.460.27685210.238811041X-RAY DIFFRACTION98.47
2.46-2.50.28565470.232710979X-RAY DIFFRACTION98.33
2.5-2.550.2665580.231211049X-RAY DIFFRACTION98.44
2.55-2.60.26025780.229110927X-RAY DIFFRACTION98.63
2.6-2.650.295810.238711030X-RAY DIFFRACTION98.22
2.65-2.710.26096110.226910948X-RAY DIFFRACTION98.08
2.71-2.770.25935830.215910714X-RAY DIFFRACTION96.8
2.77-2.840.25695650.211510791X-RAY DIFFRACTION96.55
2.84-2.920.23175260.207910842X-RAY DIFFRACTION96.67
2.92-30.26095130.215710500X-RAY DIFFRACTION93.71
3-3.10.26054880.21389790X-RAY DIFFRACTION87.57
3.1-3.210.24215280.208810877X-RAY DIFFRACTION96.69
3.21-3.340.24075970.209111044X-RAY DIFFRACTION99.06
3.34-3.490.2295930.196811117X-RAY DIFFRACTION99.24
3.49-3.680.21936590.191611047X-RAY DIFFRACTION99.46
3.68-3.910.21195660.184511150X-RAY DIFFRACTION99.59
3.91-4.210.20195850.174711159X-RAY DIFFRACTION99.51
4.21-4.630.18865440.16211160X-RAY DIFFRACTION99.04
4.63-5.30.18635290.167911118X-RAY DIFFRACTION98.21
5.3-6.680.21765770.196710057X-RAY DIFFRACTION90
6.68-48.960.2026470.168411052X-RAY DIFFRACTION97.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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