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万見
- PDB-7ce9: PQQ-soaked Apo-methanol dehydrogenase (MDH) from Methylococcus ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ce9
タイトルPQQ-soaked Apo-methanol dehydrogenase (MDH) from Methylococcus capsulatus (Bath)
要素
  • Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
  • Methanol dehydrogenase protein, large subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Methanol / PQQ
機能・相同性
機能・相同性情報


methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat ...Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 / Methanol dehydrogenase protein, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chuankhayan, P. / Chan, S.I. / Nareddy, P.K.R. / Tsai, I.K. / Tsai, Y.F. / Chen, K.H.-C. / Yu, S.S.-F. / Chen, C.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Mechanism of Pyrroloquinoline Quinone-Dependent Hydride Transfer Chemistry from Spectroscopic and High-Resolution X-ray Structural Studies of the Methanol Dehydrogenase from Methylococcus capsulatus (Bath).
著者: Chan, S.I. / Chuankhayan, P. / Reddy Nareddy, P.K. / Tsai, I.K. / Tsai, Y.F. / Chen, K.H. / Yu, S.S. / Chen, C.J.
履歴
登録2020年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
B: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
C: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
D: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
E: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
F: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
G: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
H: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
I: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
J: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
K: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
L: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
M: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
N: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
O: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
P: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)578,30732
ポリマ－575,34416
非ポリマー2,96216
水45,6142532
1
A: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
E: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2884
ポリマ－71,9182
非ポリマー3702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
2
B: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
F: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2884
ポリマ－71,9182
非ポリマー3702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
3
C: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
K: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2884
ポリマ－71,9182
非ポリマー3702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PISA
4
D: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
L: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2884
ポリマ－71,9182
非ポリマー3702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA
5
G: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
I: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2884
ポリマ－71,9182
非ポリマー3702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
6
H: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
J: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2884
ポリマ－71,9182
非ポリマー3702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
7
M: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
O: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2884
ポリマ－71,9182
非ポリマー3702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
8
N: Methanol dehydrogenase protein, large subunit
P: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2884
ポリマ－71,9182
非ポリマー3702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.563, 211.756, 223.736
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Methanol dehydrogenase protein, large subunit


分子量: 63688.789 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 参照: UniProt: Q60AR6
#2: タンパク質
Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 / MDH small subunit beta / MDH-associated peptide / MEDH


分子量: 8229.256 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath
参照: UniProt: Q60AR3, methanol dehydrogenase (cytochrome c)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Hepes, PEG600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→153.79 Å / Num. obs: 292773 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 11.76
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Num. unique obs: 95297 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TQO

4tqo


解像度: 2.2→153 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 15016 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.163 277757 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40468 0 200 2532 43200
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.25 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1110 -
Rwork0.21 21268 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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