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- PDB-7ce2: The Crystal structure of TeNT Hc complexed with neutralizing antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ce2
タイトルThe Crystal structure of TeNT Hc complexed with neutralizing antibody
要素
  • Tetanus toxin
  • neutralizing antibody heavy chain
  • neutralizing antibody light chain
キーワードHYDROLASE / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neurotransmitter secretion / : / metallopeptidase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium tetani (破傷風菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Wang, X. / Wang, Y. / Wu, C. / Yu, J. / Liao, H.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis of tetanus toxin neutralization by native human monoclonal antibodies.
著者: Wang, Y. / Wu, C. / Yu, J. / Lin, S. / Liu, T. / Zan, L. / Li, N. / Hong, P. / Wang, X. / Jia, Z. / Li, J. / Wang, Y. / Zhang, M. / Yuan, X. / Li, C. / Xu, W. / Zheng, W. / Wang, X. / Liao, H.X.
履歴
登録2020年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetanus toxin
Z: neutralizing antibody heavy chain
B: neutralizing antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1873
ポリマ－100,1873
非ポリマー00
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area38120 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.690, 136.990, 137.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tetanus toxin / TeNT Hc


分子量: 52838.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clostridium tetani (破傷風菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LA13
#2: 抗体 neutralizing antibody heavy chain


分子量: 23926.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 neutralizing antibody light chain


分子量: 23421.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3% w/v Dextran sulfate (sodium salt), 0.1M BICINE PH 8.5, 15% w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→38.067 Å / Num. obs: 75830 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 40.44 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / Num. unique obs: 75830 / CC1/2: 0.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A8D

1a8d


解像度: 2.01→38.067 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 3699 4.89 %
Rwork0.1801 72009 -
obs0.1819 75708 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.75 Å2 / Biso mean: 54.7428 Å2 / Biso min: 26.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→38.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6885 0 0 293 7178
Biso mean---53.78 -
残基数----874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9699579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061070
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.274203
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.01-2.03650.31641710.2952681
2.0365-2.06440.29381630.26942742
2.0644-2.09390.30711400.25732711
2.0939-2.12510.28531580.24892719
2.1251-2.15830.2691340.22982731
2.1583-2.19370.2541180.22042766
2.1937-2.23150.24141580.21762722
2.2315-2.27210.24431130.21132744
2.2721-2.31580.25481460.19582740
2.3158-2.3630.19741530.19662743
2.363-2.41440.24091440.19352754
2.4144-2.47060.23661220.20152746
2.4706-2.53230.24891300.1952785
2.5323-2.60080.2731330.20472753
2.6008-2.67730.22921480.19462749
2.6773-2.76370.24031270.19792760
2.7637-2.86250.2541530.19852771
2.8625-2.9770.22831660.20322740
2.977-3.11240.21131400.19652764
3.1124-3.27650.27391590.19572748
3.2765-3.48160.23621390.18962808
3.4816-3.75020.22191580.16862782
3.7502-4.12720.19381000.16132850
4.1272-4.72350.1591630.1372804
4.7235-5.94740.18271320.14882884
5.9474-38.0670.18991310.16943012
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.2251 Å / Origin y: 155.357 Å / Origin z: 286.6931 Å
111213212223313233
T0.2183 Å2-0.0064 Å2-0.0138 Å2-0.2992 Å20.0129 Å2--0.3117 Å2
L0.2189 °20.0435 °2-0.0947 °2-1.1637 °20.6072 °2--0.8274 °2
S-0.0311 Å °-0.0513 Å °-0.0238 Å °-0.0758 Å °0.089 Å °-0.1343 Å °-0.0715 Å °0.08 Å °-0.0551 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA869 - 1315
2X-RAY DIFFRACTION1allZ1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 212
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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