PDB-7ce0: Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid C-terminal domain (CT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ce0

タイトル

Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid C-terminal domain (CTD) protein

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / COVID-19 / RNA binding / nucleocapsid / 2019-nCoV / dimerization

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic capsid assembly / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Peng, Y. / Qi, J. / Song, H. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Structures of the SARS-CoV-2 nucleocapsid and their perspectives for drug design.
著者: Peng, Y. / Du, N. / Lei, Y. / Dorje, S. / Qi, J. / Luo, T. / Gao, G.F. / Song, H.

履歴

登録	2020年6月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年3月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity_name_com / Item: _entity_name_com.name
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ce0.cif.gz	223 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ce0.ent.gz	157.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ce0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ce0_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ce0_full_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示
XML形式データ	7ce0_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	7ce0_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/7ce0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/7ce0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7cdzC 2cjrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wji-3 7de1-d 7c22-1 7c22-2 6wzq-1 2cjr-2 6wzo-1 2ji2-1 6wzq-2 2cjr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

53.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, dimer, gel filtration, dimer
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.726, 50.310, 69.134
Angle α, β, γ (deg.)	73.876, 89.940, 82.552
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N / N / NC 分子量: 13299.925 Da / 分子数: 4 / 断片: CTD / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 4M Potassium formate, 0.1M BIS-TRIS propane, pH 9.0, 2% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 103766 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.87 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 30.265
反射シェル	解像度: 1.39→1.41 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 3864 / CC_1/2: 0.808

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CJR

2cjr

解像度: 1.5→26.82 Å / SU ML: 0.1361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.3659
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	3952	4.87 %
R_work	0.1767	77178	-
obs	0.1773	81130	90.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3524	0	0	740	4264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	3628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6506	4902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0755	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.6298	1366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2825	88	0.2139	1936	X-RAY DIFFRACTION	62.95
1.52-1.54	0.2234	105	0.2085	2066	X-RAY DIFFRACTION	67.74
1.54-1.56	0.2233	103	0.2058	2128	X-RAY DIFFRACTION	68.99
1.56-1.58	0.212	115	0.2054	2259	X-RAY DIFFRACTION	73.93
1.58-1.6	0.209	125	0.2004	2363	X-RAY DIFFRACTION	78.34
1.6-1.63	0.2418	125	0.2057	2472	X-RAY DIFFRACTION	80.2
1.63-1.65	0.199	134	0.1972	2552	X-RAY DIFFRACTION	85.27
1.65-1.68	0.2113	136	0.2004	2728	X-RAY DIFFRACTION	86.87
1.68-1.71	0.2376	134	0.1996	2775	X-RAY DIFFRACTION	92.44
1.71-1.74	0.2037	153	0.2171	2891	X-RAY DIFFRACTION	93.52
1.74-1.77	0.2526	148	0.2136	2897	X-RAY DIFFRACTION	95.07
1.77-1.81	0.1804	149	0.1999	2915	X-RAY DIFFRACTION	95.99
1.81-1.85	0.2171	159	0.1934	2893	X-RAY DIFFRACTION	96.34
1.85-1.89	0.2093	151	0.1902	2965	X-RAY DIFFRACTION	96.41
1.89-1.94	0.2159	145	0.1937	2934	X-RAY DIFFRACTION	95.8
1.94-1.99	0.2349	164	0.1881	2939	X-RAY DIFFRACTION	96.49
1.99-2.05	0.1901	143	0.1805	2984	X-RAY DIFFRACTION	97.54
2.05-2.11	0.1754	153	0.173	2932	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.11-2.19	0.1856	170	0.1754	2993	X-RAY DIFFRACTION	97.26
2.19-2.28	0.1729	147	0.1754	2909	X-RAY DIFFRACTION	95.47
2.28-2.38	0.1763	168	0.1789	2935	X-RAY DIFFRACTION	97.24
2.38-2.51	0.2157	135	0.1866	3000	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.51-2.66	0.1884	170	0.1827	2950	X-RAY DIFFRACTION	96.98
2.66-2.87	0.1766	147	0.185	2997	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.87-3.16	0.2166	153	0.172	3039	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.16-3.61	0.1856	162	0.1671	2843	X-RAY DIFFRACTION	93.53
3.61-4.55	0.1626	131	0.1386	2877	X-RAY DIFFRACTION	94.24
4.55-26.82	0.1346	139	0.1507	3006	X-RAY DIFFRACTION	98.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.71482250907	-0.0199408404678	0.00477366578962	0.237840866177	0.0827433204064	0.457825959969	-0.0138879142206	0.0437250755958	0.0421532967744	-0.00650120537253	0.00301957499678	0.0142096231855	0.00257489564557	0.00842972602564	-0.00745909769796	0.0888222861615	0.000992475283277	7.38753537229E-5	0.0557253361675	0.00857850837007	0.0831887226294	11.3220269547	28.0122796054	11.4631085018
2	0.690845002458	0.0659871165198	-0.0736271671731	0.272320788699	0.0485314208679	0.448133229824	-0.0208556502573	-0.0420573046675	-0.0345378346892	0.0108676390289	0.00878076507204	0.035258346514	-0.0134945480281	-0.0200035454152	-0.00149526354032	0.093279134998	0.000281428301384	-0.00134068070572	0.0716407423662	0.00524948044794	0.0903561063056	-4.11328944132	51.2448190753	-4.85359189242
3	0.409640275232	-0.0241280891328	0.00382243804521	0.27292261887	-0.0244394562105	0.580156256915	-0.0440301707925	0.0805128507538	-0.0337115049584	-0.00870879689636	0.0162270007381	-0.0290949026652	-0.000544114571085	0.0504856375895	-0.0092742571732	0.0789502327106	-0.00752770730391	0.00174533353219	0.0921464364644	-0.00630626020426	0.0834428838708	7.04970821113	51.3360897567	-17.9200284097
4	0.486021011975	0.0135792825742	0.052269736557	0.191982692356	0.0306334157728	0.488988141621	-0.056048974314	-0.0944577268096	0.042178490823	0.00680716545384	0.0243355429632	-0.0199207592286	0.00577646446823	0.0367541697323	-0.0179394141563	0.0845137374766	0.00484707916249	-0.0013452986568	0.0962119519332	-0.00466637799711	0.0907244682742	22.5177270649	27.6720331992	24.4856009036

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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