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- PDB-7cbv: Crystal structure of the transcriptional regulator PadR from Baci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cbv
タイトルCrystal structure of the transcriptional regulator PadR from Bacillus subtilis (space group H32)
要素PadR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor
機能・相同性Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / PadR family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Park, S.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Apo structure of the transcriptional regulator PadR from Bacillus subtilis: Structural dynamics and conserved Y70 residue.
著者: Park, S.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2020年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PadR family transcriptional regulator
B: PadR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5022
ポリマ－43,5022
非ポリマー00
水1,17165
1
A: PadR family transcriptional regulator

A: PadR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5022
ポリマ－43,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
Buried area6780 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
2
B: PadR family transcriptional regulator

B: PadR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5022
ポリマ－43,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.697, 123.697, 182.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGARGARG(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 578 - 63
12LYSLYSSERSER(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...AA68 - 10974 - 115
13GLNGLNMETMET(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...AA111 - 139117 - 145
14PROPROASPASP(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...AA144 - 180150 - 186
25ARGARGARGARG(chain 'B' and (resid 2 through 46 or (resid 47...BB2 - 578 - 63
26LYSLYSSERSER(chain 'B' and (resid 2 through 46 or (resid 47...BB68 - 10974 - 115
27GLNGLNMETMET(chain 'B' and (resid 2 through 46 or (resid 47...BB111 - 139117 - 145
28PROPROASPASP(chain 'B' and (resid 2 through 46 or (resid 47...BB144 - 180150 - 186

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要素

#1: タンパク質 PadR family transcriptional regulator / PadR


分子量: 21750.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: FIU26_19465 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A5F2KJ26
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: polyethylene glycol monomethyl ether 5000, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 23965 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2371 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X12

5x12


解像度: 2.3→29.33 Å / SU ML: 0.2512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.0461
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 1222 5.11 %
Rwork0.195 22704 -
obs0.1966 23926 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 0 65 2738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90213677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.10161633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.390.28421310.24352526X-RAY DIFFRACTION99.77
2.39-2.50.26671220.2242503X-RAY DIFFRACTION99.85
2.5-2.630.27171380.22942518X-RAY DIFFRACTION99.74
2.63-2.80.2611430.21672504X-RAY DIFFRACTION99.77
2.8-3.010.25371560.22012508X-RAY DIFFRACTION99.55
3.01-3.320.28861480.21092502X-RAY DIFFRACTION99.55
3.32-3.80.19421510.18722523X-RAY DIFFRACTION99.15
3.8-4.780.19281170.16262535X-RAY DIFFRACTION98.22
4.78-29.330.19221160.18062585X-RAY DIFFRACTION96.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3750655225-0.114662908423-0.03849451671094.103957237610.4902525321421.80383474423-0.06371336063040.5013268556560.461275974934-0.6359360809810.07893432609350.426609812658-0.219087833146-0.1869854562360.003641743366410.284953795898-0.00739827673855-0.07526754195250.3247215053960.08652823444430.352348801706-11.687166024814.042402574322.4837346752
25.18167479511-1.613462628022.869797183330.998592256725-0.4090045901191.94667300588-0.465042553438-0.2780835480870.3186859800670.401086830982-0.0706432506669-0.210131035359-0.493996637027-0.06928664388120.4411135250710.35273414196-0.0281103215436-0.0338131404870.570942422177-0.09424726375030.475948547294-27.078335396212.63470834237.230374446
32.77743211944-1.643603860410.213907721631.906136140890.3367598682571.586702688830.1318694326590.475854822538-0.197150683335-0.194442869388-0.119771286310.2035702706030.1234021788940.06154883515220.01421022434640.2190897997550.00254105461927-0.03074850521510.247244634829-0.03769768943360.232530233468-44.982779005612.802743062823.2586210327
42.71646075209-1.369947996480.337079095311.46699827879-0.6213351490710.7544898224980.2174142903620.525982797717-0.541758222926-0.205528739338-0.2636426507560.2349192660160.160344012262-0.05955490918360.04475160975920.248402554533-0.00222157620279-0.02726878606090.262039072612-0.08300512306630.294031433681-36.07151580632.4283521397724.7977896502
54.03036102158-0.901285863918-0.1512244420743.28194677641-1.247070908722.79212568268-0.0252040186517-1.019245478460.6170762188190.3342244747110.1053116808640.3207877842840.217881274818-0.768085977503-0.03143642767350.592145834544-0.2351934111880.09271207785430.852227310961-0.1585654856860.642605420933-65.2065930774-18.90634540728.97723304567
60.6738139869330.3419912983280.5769733262485.951001897672.706817590732.284545412410.1698879761210.211296501805-0.545139138088-0.510357119131-0.4692141880090.5164867157270.280531646207-0.3257767690660.1282943896140.476542673042-0.0983520910998-0.07236767944110.545672703666-0.1778852977530.557946974298-56.3795275129-6.93995978328-6.52172844929
70.751436780886-0.3187738209040.5454079639541.84669016536-0.2368199191472.215777632770.114125657219-0.0651808643330.569116703757-0.291345782391-0.508370079990.232475533334-1.21592946456-0.3950271696070.5496357018460.6402321736720.158740403057-0.1338813180290.359344033749-0.02566284634450.449874552114-53.031070387417.1664843647-3.25510700026
82.052653653540.09855864054760.2667960576995.84323607787-0.2601542110695.07723250912-0.0619356883262-0.1786166154470.1983600666430.716085448604-0.00844522049201-0.162198972878-0.320768146204-0.03192604617180.06799821229630.2940840558760.015783511354-0.058737329730.295179652292-0.09484530840290.250450464097-45.5499624958.2015478426310.2213793455
91.48147077270.1667004020880.1504211020864.121038872381.049766853493.1678011366-0.0668075443682-0.140830571255-0.1247296415540.5025120111960.196782748379-0.3349705240680.3414252101170.108368109209-0.04503332320660.3100096729060.0228937786541-0.05877449692440.29402955341-0.06572934240490.321721046919-43.0303446127-3.035056704276.24348381091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 180 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 85 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 86 through 96 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 97 through 109 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 110 through 138 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 139 through 180 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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