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万見
- PDB-7cb9: CYP76AH1/miltiradiene from Salvia miltiorrhiza -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cb9
タイトルCYP76AH1/miltiradiene from Salvia miltiorrhiza
要素Ferruginol synthase
キーワードPLANT PROTEIN / CYP76AH1 / tanshinone biosynthesis / miltiradiene / substrate specificity / molecular mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


ferruginol synthase / diterpenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Miltiradiene / Ferruginol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salvia miltiorrhiza (タンジン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chang, Z. / Chao, S. / Mingyue, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773833 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CYP76AH1 from Salvia miltiorrhiza
著者: Chang, Z.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferruginol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4823
ポリマ－55,5931
非ポリマー8892
水9,296516
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.500, 108.500, 105.685
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Ferruginol synthase / Cytochrome P450 76AH1


分子量: 55593.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salvia miltiorrhiza (タンジン) / 遺伝子: CYP76AH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S4UX02, EC: 1.14.13.190
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-J6C / Miltiradiene / (4bS,8aS)-4b,8,8-trimethyl-2-propan-2-yl-1,4,5,6,7,8a,9,10-octahydrophenanthrene / ミルチラジエン


分子量: 272.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 50mM HEPES, pH7.5, 10% v/v Jeffamine M-600 Reagent, 50mM MnCl2, 25 % (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 109634 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.869 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9320.30.56928050.9560.1290.5840.506100
1.93-1.9720.50.47727960.9680.1080.4890.548100
1.97-2.0120.30.41628290.9740.0940.4270.565100
2.01-2.05200.36128540.9770.0820.370.619100
2.05-2.0919.70.30827790.9830.0710.3160.655100
2.09-2.1419.10.26628130.9860.0620.2740.706100
2.14-2.1918.10.23428440.9870.0560.2410.766100
2.19-2.2520.30.20928100.9920.0480.2150.819100
2.25-2.3220.70.18528340.9920.0420.190.897100
2.32-2.3920.60.16528280.9940.0370.1690.924100
2.39-2.4820.40.14728460.9950.0330.1510.969100
2.48-2.5820.30.13528270.9950.0310.1391.034100
2.58-2.719.90.11928430.9960.0270.1221.069100
2.7-2.8418.10.10828370.9960.0260.1111.056100
2.84-3.0220.70.09828680.9970.0220.11.042100
3.02-3.2520.90.08728390.9980.020.091.044100
3.25-3.5820.50.07628670.9980.0170.0781.004100
3.58-4.0918.60.06929140.9980.0160.0711.034100
4.09-5.1620.20.0629060.9980.0140.0621.053100
5.16-5018.70.05830350.9980.0140.061.0599.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YM3

5ym3


解像度: 1.9→37.85 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 --
Rwork0.22 --
obs-66826 99.96 %
原子変位パラメータBiso max: 82.51 Å2 / Biso min: 6.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3667 0 63 516 4246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る