PDB-7ca4: The Crystal Structure of human Bcl-2-like protein 1 from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ca4

タイトル

The Crystal Structure of human Bcl-2-like protein 1 from Biortus

要素

Bcl-2-like protein 1

キーワード

APOPTOSIS / Apoptosis regulator proteins / Bcl-2 family

機能・相同性

機能・相同性情報

apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / RAS processing / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / spermatogenesis / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wang, F. / Lv, Z. / Lin, D. / Huang, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of human Bcl-2-like protein 1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Lv, Z. / Lin, D. / Huang, Y.

履歴

登録	2020年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / database_2 / struct Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ca4.cif.gz	47.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ca4.ent.gz	29.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ca4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ca4_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ca4_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	7ca4_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	7ca4_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7ca4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/7ca4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cvaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1r2g-d 3ihe-d 3zlo-d 3cva-d 6swb-2 5kv5-d 1r2e-d 2jj6-1 4yuh-d 1q2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.213, 63.213, 111.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X 分子量: 25662.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 50mM MES, pH6.2, 1.8M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 6656 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 16.69
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / R_merge(I) obs: 0.601 / Num. unique obs: 330

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3cva

3cva

解像度: 2.7→31.954 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 9.373 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.493 / ESU R Free: 0.275 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	327	4.936 %
R_work	0.1984	6298	-
all	0.2	-	-
obs	-	6625	99.759 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.404 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.341 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.341 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.683 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→31.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1161	0	15	30	1206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.628	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.153	1.571	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.48	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.386	22.361	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.828	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.327	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	287
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.803	4.167	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.804	4.161	569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.111	6.224	709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.109	6.231	710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.94	4.575	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.909	4.437	618
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.383	6.756	918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.362	6.561	900
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.025	47.757	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.024	47.79	1405

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.316	28	0.223	454	X-RAY DIFFRACTION	99.5868
2.77-2.846	0.27	19	0.242	440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.846-2.928	0.21	22	0.24	423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.928-3.018	0.317	15	0.232	429	X-RAY DIFFRACTION	100
3.018-3.117	0.235	21	0.238	399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.117-3.226	0.274	19	0.218	396	X-RAY DIFFRACTION	100
3.226-3.347	0.248	22	0.214	381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.347-3.483	0.283	24	0.222	355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.483-3.638	0.166	15	0.22	356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.638-3.814	0.194	25	0.186	337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.814-4.019	0.204	12	0.179	325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.019-4.262	0.316	14	0.177	323	X-RAY DIFFRACTION	100
4.262-4.554	0.18	17	0.16	290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.554-4.916	0.253	14	0.166	268	X-RAY DIFFRACTION	99.6466
4.916-5.381	0.15	12	0.179	252	X-RAY DIFFRACTION	100
5.381-6.009	0.284	17	0.214	236	X-RAY DIFFRACTION	100
6.009-6.925	0.317	12	0.228	210	X-RAY DIFFRACTION	100
6.925-8.448	0.212	7	0.149	183	X-RAY DIFFRACTION	99.4764
8.448-11.808	0.131	7	0.146	153	X-RAY DIFFRACTION	99.3789
11.808-31.954	0.16	5	0.247	88	X-RAY DIFFRACTION	89.4231

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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