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- PDB-7ca0: Crystal structure of dihydroorotase in complex with 5-fluorooroti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ca0
タイトルCrystal structure of dihydroorotase in complex with 5-fluoroorotic acid from Saccharomyces cerevisiae
要素Dihydroorotase
キーワードHYDROLASE / Dihydropyrimidinase Dihydroorotase metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotase homodimeric type / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FOT / Dihydroorotase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guan, H.H. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y. / Chen, C.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Bioinorg Chem Appl / 年: 2021
タイトル: Complexed Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Dihydroorotase with Inhibitor 5-Fluoroorotate Reveals a New Binding Mode.
著者: Guan, H.H. / Huang, Y.H. / Lin, E.S. / Chen, C.J. / Huang, C.Y.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年8月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotase
B: Dihydroorotase
C: Dihydroorotase
D: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,13316
ポリマ－165,9134
非ポリマー1,22012
水3,351186
1
A: Dihydroorotase
B: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5678
ポリマ－82,9572
非ポリマー6106
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area27600 Å2
手法PISA
2
C: Dihydroorotase
D: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5678
ポリマ－82,9572
非ポリマー6106
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area27780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.471, 88.587, 103.572
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 2 - 365 / Label seq-ID: 2 - 365

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

-
要素

#1: タンパク質
Dihydroorotase / DHOase


分子量: 41478.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: URA4, YLR420W, L9931.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20051, dihydroorotase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FOT / 5-FLUORO-2,6-DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / 5-FLUOROOROTIC ACID / 5-フルオロオロト酸


分子量: 174.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H3FN2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM imidazole malate pH 7, 16% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.57 Å / Num. obs: 52440 / % possible obs: 98.05 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 5332 / CC1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L0A

6l0a


解像度: 2.5→44.57 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 2593 4.94 %
Rwork0.1948 49847 -
obs0.1974 52440 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.81 Å2 / Biso mean: 59.8184 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→44.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11376 0 56 186 11618
Biso mean--56.3 50.53 -
残基数----1456
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4392X-RAY DIFFRACTION8.42TORSIONAL
12B4392X-RAY DIFFRACTION8.42TORSIONAL
13C4392X-RAY DIFFRACTION8.42TORSIONAL
14D4392X-RAY DIFFRACTION8.42TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.550.3371170.274126782795100
2.55-2.590.32381390.254226982837100
2.59-2.650.28281160.246126122728100
2.65-2.70.27591130.2472662277599
2.7-2.770.32981380.251926822820100
2.77-2.840.27621320.244926542786100
2.84-2.910.28091410.243226542795100
2.91-30.28621220.235926862808100
3-3.10.30881610.234526332794100
3.1-3.210.30441430.236826452788100
3.21-3.330.30451650.24452629279499
3.33-3.490.27811420.22782564270697
3.49-3.670.30041360.20582595273197
3.67-3.90.24751690.18332510267995
3.9-4.20.24151370.17262570270796
4.2-4.620.1721130.15492578269196
4.62-5.290.1784990.15462540263993
5.29-6.660.22581340.18162606274096
6.66-44.570.19141760.15082651282797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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