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- PDB-7c5o: Crystal Structure of H177A mutant of Glyceraldehyde-3-phosphate-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c5o
タイトルCrystal Structure of H177A mutant of Glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase1 from Escherichia coli complexed with NAD at 1.98 Angstrom resolution.
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / EcGAPDH 1 / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.981 Å
データ登録者Zhang, L. / Liu, M.R. / Bao, L.Y. / Yao, Y.C. / Bostrom, I.K. / Wang, Y.D. / Chen, A.Q. / Li, J.X. / Gu, S.H. / Ji, C.N.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Key Research and Development Program of China2016YFA0500600 中国
Science and Technology Research Program of Shanghai19DZ2282100 中国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Novel Structures of Type 1 Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Escherichia coli Provide New Insights into the Mechanism of Generation of 1,3-Bisphosphoglyceric Acid.
著者: Zhang, L. / Liu, M. / Bao, L. / Bostrom, K.I. / Yao, Y. / Li, J. / Gu, S. / Ji, C.
履歴
登録2020年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,20914
ポリマ－151,2834
非ポリマー2,92610
水19,4561080
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20850 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area44620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.972, 89.972, 342.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 37820.852 Da / 分子数: 4 / 変異: H177A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
遺伝子: ECBD_2224 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A140NCK4, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1080 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM sodium Cacodylate pH 6.5, 18%(w/v)PEG 1000, 200mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 98318 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 6.75 / Num. unique obs: 98318 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C5F

7c5f


解像度: 1.981→48.175 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1914 4830 4.93 %RANDOM
Rwork0.1463 ---
obs0.1486 97923 99.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.981→48.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10087 0 186 1082 11355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07514270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9316260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081792
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9813-2.00380.24291430.17373047X-RAY DIFFRACTION97
2.0038-2.02740.221440.16183003X-RAY DIFFRACTION98
2.0274-2.05210.2021650.15783059X-RAY DIFFRACTION98
2.0521-2.07810.221600.15333005X-RAY DIFFRACTION99
2.0781-2.10540.20341540.1453026X-RAY DIFFRACTION99
2.1054-2.13430.221440.14943078X-RAY DIFFRACTION99
2.1343-2.16470.21461590.15393014X-RAY DIFFRACTION99
2.1647-2.19710.19581590.1433078X-RAY DIFFRACTION99
2.1971-2.23140.21591750.14913007X-RAY DIFFRACTION99
2.2314-2.2680.19881630.13873059X-RAY DIFFRACTION99
2.268-2.30710.21041680.14483084X-RAY DIFFRACTION99
2.3071-2.3490.20561790.14613000X-RAY DIFFRACTION99
2.349-2.39420.19821700.14173061X-RAY DIFFRACTION99
2.3942-2.44310.21521540.14623074X-RAY DIFFRACTION99
2.4431-2.49620.20181480.14693121X-RAY DIFFRACTION99
2.4962-2.55430.20951450.14533062X-RAY DIFFRACTION99
2.5543-2.61810.19331500.14773088X-RAY DIFFRACTION99
2.6181-2.68890.20881530.15063092X-RAY DIFFRACTION99
2.6889-2.7680.20591500.15453128X-RAY DIFFRACTION99
2.768-2.85740.19391550.153087X-RAY DIFFRACTION99
2.8574-2.95950.20521660.15493137X-RAY DIFFRACTION99
2.9595-3.07790.19681830.16443089X-RAY DIFFRACTION100
3.0779-3.2180.20311520.16823148X-RAY DIFFRACTION100
3.218-3.38760.23391770.16213120X-RAY DIFFRACTION100
3.3876-3.59980.19851800.15823170X-RAY DIFFRACTION100
3.5998-3.87760.18831550.14243163X-RAY DIFFRACTION100
3.8776-4.26760.15391710.12413202X-RAY DIFFRACTION100
4.2676-4.88470.13141510.11173221X-RAY DIFFRACTION100
4.8847-6.15220.15171760.12593257X-RAY DIFFRACTION100
6.1522-48.1750.1811810.15913413X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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