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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c5k | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of C150S mutant of Glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase1 from Escherichia coli complexed with G3P at 2.69 Angstrom resolution | |||||||||
![]() | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / EcGAPDH 1 / NAD | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhang, L. / Liu, M.R. / Bao, L.Y. / Yao, Y.C. / Bostrom, I.K. / Wang, Y.D. / Chen, A.Q. / Li, J.X. / Gu, S.H. / Ji, C.N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Novel Structures of Type 1 Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Escherichia coli Provide New Insights into the Mechanism of Generation of 1,3-Bisphosphoglyceric Acid. 著者: Zhang, L. / Liu, M. / Bao, L. / Bostrom, K.I. / Yao, Y. / Li, J. / Gu, S. / Ji, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 277 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7c5gC ![]() 7c5hC ![]() 7c5iC ![]() 7c5jC ![]() 7c5lC ![]() 7c5mC ![]() 7c5nC ![]() 7c5oC ![]() 7c5pC ![]() 7c5qC ![]() 7c5rC ![]() 7c7kC ![]() 7c5fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 OPQR
#1: タンパク質 | 分子量: 37871.855 Da / 分子数: 4 / 変異: C150S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ECBD_2224 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A140NCK4, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
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-非ポリマー , 5種, 503分子 ![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/G3H.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/3PG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/G3H.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/3PG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 100mM sodium PBS pH 6.1, 16%(w/v) PEG 1000, 200mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 41105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 15.17 |
反射 シェル | 解像度: 2.68→2.73 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 41105 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7C5F 解像度: 2.68→48.223 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 11.846 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.518 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.68→48.223 Å
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拘束条件 |
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