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万見
- PDB-7c36: c-Myc DNA binding protein structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c36
タイトルc-Myc DNA binding protein structure
要素RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Binding / c-myc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A) binding / poly(U) RNA binding / RNA processing / mRNA 3'-UTR binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA replication / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
MSSP-1, RNA recognition motif 1 / : / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Aggarwal, P. / Bhavesh, N.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Hinge like domain motion facilitates human RBMS1 protein binding to proto-oncogene c-myc promoter.
著者: Aggarwal, P. / Bhavesh, N.S.
履歴
登録2020年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0781
ポリマ－18,0781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9500 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein 1 / Single-stranded DNA-binding protein MSSP-1 / Suppressor of CDC2 with RNA-binding motif 2


分子量: 18077.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBMS1, C2orf12, MSSP, MSSP1, SCR2 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29558

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
1143isotropic11D 1H
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
111isotropic13D HNCA
151isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D C(CO)NH
161isotropic13D HNCO
191isotropic13D HN(CA)CB
1121isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D 15N-edited [1H,1H]-NOESY
1111isotropic13D 13Caro-edited [1H,1H]-NOESY
1132isotropic13D 13Cali-edited [1H,1H]-NOESY
1101isotropic23D 13Cali-edited [1H,1H]-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O15N 13C labelled sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-13C; U-15N] protein, 100% D2O15N 13C labelled sample100% D2O
solution31 mM [U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-13C; U-15N]1
1 mMprotein[U-13C; U-15N]2
1 mMprotein[U-15N]3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: Conditions 1 / pH: 7.1 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 303 K / Temperature err: 1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III500.151
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III800.182

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber18Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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