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- PDB-7c2w: Crystal Structure of IRAK4 kinase in complex with a small molecul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c2w
タイトルCrystal Structure of IRAK4 kinase in complex with a small molecule inhibitor
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / IRAK4 / Inhibitor / CA-4948 / Kinase / CELL CYCLE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FJ9 / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Krishnamurthy, N.R. / Anirudha, L.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of CA-4948, an Orally Bioavailable IRAK4 Inhibitor for Treatment of Hematologic Malignancies.
著者: Gummadi, V.R. / Boruah, A. / Ainan, B.R. / Vare, B.R. / Manda, S. / Gondle, H.P. / Kumar, S.N. / Mukherjee, S. / Gore, S.T. / Krishnamurthy, N.R. / Marappan, S. / Nayak, S.S. / Nellore, K. / ...著者: Gummadi, V.R. / Boruah, A. / Ainan, B.R. / Vare, B.R. / Manda, S. / Gondle, H.P. / Kumar, S.N. / Mukherjee, S. / Gore, S.T. / Krishnamurthy, N.R. / Marappan, S. / Nayak, S.S. / Nellore, K. / Balasubramanian, W.R. / Bhumireddy, A. / Giri, S. / Gopinath, S. / Samiulla, D.S. / Daginakatte, G. / Basavaraju, A. / Chelur, S. / Eswarappa, R. / Belliappa, C. / Subramanya, H.S. / Booher, R.N. / Ramachandra, M. / Samajdar, S.
履歴
登録2020年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2738
ポリマ－133,6674
非ポリマー1,6064
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area52580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)137.630, 140.802, 86.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 33416.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-FJ9 / N-(2-morpholin-4-yl-1,3-benzoxazol-6-yl)-6-pyridin-4-yl-pyridine-2-carboxamide


分子量: 401.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.4, 2.3 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+ / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年5月9日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→100 Å / Num. obs: 21131 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.76 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 3.14→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2073 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0001精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NRU

2nru


解像度: 3.2→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.699 / SU B: 38.307 / SU ML: 0.641 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.873 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.355 977 5.1 %RANDOM
Rwork0.2614 ---
obs0.2662 18229 89.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.32 Å2 / Biso mean: 34.886 Å2 / Biso min: 12.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å2-0.16 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9323 0 120 164 9607
Biso mean--36.09 29.51 -
残基数----1181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1341.98512994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.718320126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94751177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01325.446448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.45215.0341745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4241540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0210599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.210018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.25363
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0740.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3930.218
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.422 64
Rwork0.29 1310
all-1374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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