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- PDB-7bzi: The mutant variant of PNGM-1. H91 was substituted for alanine to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bzi
タイトルThe mutant variant of PNGM-1. H91 was substituted for alanine to study metal coordination.
要素Metallo-beta-lactamase PNGM-1
キーワードANTIBIOTIC / RNase Z / MBLs / Zinc binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tRNA processing endoribonuclease activity / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase superfamily domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase PNGM-1
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
Model detailsPNGM-1 residue H91 was substituted to Alanine
データ登録者Park, Y.S. / Kang, L.W. / Lee, J.H.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Study of Metal Binding and Coordination in Ancient Metallo-beta-Lactamase PNGM-1 Variants.
著者: Park, Y.S. / Kim, T.Y. / Park, H. / Lee, J.H. / Nguyen, D.Q. / Hong, M.K. / Lee, S.H. / Kang, L.W.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
B: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
C: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
F: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
E: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
D: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
A: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
H: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,59916
ポリマ－333,0768
非ポリマー5238
水33,8501879
1
G: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
F: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
E: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
H: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,7998
ポリマ－166,5384
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26400 Å2
ΔGint-302 kcal/mol
Surface area46110 Å2
手法PISA
2
B: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
C: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
D: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
A: Metallo-beta-lactamase PNGM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,7998
ポリマ－166,5384
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26200 Å2
ΔGint-299 kcal/mol
Surface area46050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.380, 83.057, 163.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Metallo-beta-lactamase PNGM-1


分子量: 41634.453 Da / 分子数: 8 / 変異: H91A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U8UYM6, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 % / Mosaicity: 0.804 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.4
詳細: 0.1 M Sodium acetate, 1.5 M Sodium formate, 0.08 M CaCl2 and 10% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: steady flow of liquid nitrogen was used to maintain 100 K.
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 211626 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.134 / Rsym value: 0.122 / Χ2: 1.16 / Net I/av σ(I): 14.47 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.96-1.994.10.397104320.7160.2090.4520.51595.6
1.99-2.0340.378101900.7260.2020.4310.5493.8
2.03-2.0740.354101720.6860.1880.4030.57693.1
2.07-2.114.60.345105040.8340.1710.3870.65896.1
2.11-2.164.70.308104440.880.150.3440.62896.3
2.16-2.214.80.287105320.9060.1390.320.66196.5
2.21-2.264.90.275105530.9160.1320.3070.8396.4
2.26-2.324.80.249105190.9390.120.2780.77196.9
2.32-2.394.90.234106160.9450.1120.260.79897.4
2.39-2.474.90.211106270.9590.10.2340.88497.2
2.47-2.564.90.193106410.9610.0920.2150.93197.1
2.56-2.664.70.169102650.9670.0820.1891.05793.7
2.66-2.785.50.165106760.9760.0740.1821.10497.7
2.78-2.935.50.148106680.9790.0660.1631.17697.8
2.93-3.115.60.133106700.9840.0590.1461.35797.4
3.11-3.355.70.118107540.9890.0510.1291.64998
3.35-3.695.60.106108050.9910.0470.1161.88398.1
3.69-4.225.90.093106170.9930.040.1012.01996.5
4.22-5.326.50.084109830.9950.0350.0911.97499.2
5.32-506.30.076109580.9960.0320.0831.56897.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6j4n

6j4n


解像度: 1.94→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.019 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.177
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2546 10778 5 %RANDOM
Rwork0.2099 ---
obs0.2121 204033 95.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.16 Å2 / Biso mean: 26.224 Å2 / Biso min: 9.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20.02 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22738 0 8 1881 24627
Biso mean--21.3 31.04 -
残基数----2887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01323405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01720386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.63931912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2911.57247126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.97852872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82322.2261307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.315153457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.09715146
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.22965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0226858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025304
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.989 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 578 -
Rwork0.362 10842 -
obs--68.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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