[日本語] English
万見
- PDB-7bzc: Crystal structure of plant sesterterpene synthase AtTPS18 complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bzc
タイトルCrystal structure of plant sesterterpene synthase AtTPS18 complexed with farnesyl thiolodiphosphate (FSPP)
要素Terpenoid synthase 18
キーワードLYASE / terpenoid / terpene synthase / sesterterpene / cyclization mechanism / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FPS / Terpenoid synthase 18
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Li, J.X. / Wang, G.D. / Zhang, P.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFA0900600 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970315 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700263 中国
Chinese Academy of SciencesZDRW-ZS-2019-2 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020103 中国
引用ジャーナル: Plant Commun. / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Sesterterpene Diversity Produced by Plant Terpene Synthases.
著者: Chen, Q. / Li, J. / Liu, Z. / Mitsuhashi, T. / Zhang, Y. / Liu, H. / Ma, Y. / He, J. / Shinada, T. / Sato, T. / Wang, Y. / Liu, H. / Abe, I. / Zhang, P. / Wang, G.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Terpenoid synthase 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9474
ポリマ－69,5001
非ポリマー4473
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.388, 81.537, 125.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

#1: タンパク質 Terpenoid synthase 18 / Sesterterpene Synthase AtTPS18 / AtTPS18


分子量: 69500.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TPS18, At3g14520, MIE1.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LUE2, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FPS / S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / FARNESYL THIOPYROPHOSPHATE / チオピロりん酸ファルネシル


分子量: 398.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.04M potassium phosphate (monobasic), 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→34.445 Å / Num. obs: 38230 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.303→2.385 Å / Num. unique obs: 2080 / CC1/2: 0.708

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EAT

5eat


解像度: 2.303→34.445 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1911 5 %
Rwork0.2022 36319 -
obs0.2043 38230 67.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.95 Å2 / Biso mean: 38.2717 Å2 / Biso min: 14.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.303→34.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4328 0 57 87 4472
Biso mean--70.26 33.7 -
残基数----535
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.303-2.36030.3946690.3098131535
2.3603-2.42410.3406870.2942165843
2.4241-2.49540.3652940.2858178547
2.4954-2.57590.33821020.2778195351
2.5759-2.66790.3181070.2724202553
2.6679-2.77470.32871120.2696209955
2.7747-2.90090.32171190.2745222358
2.9009-3.05380.30441220.2709238162
3.0538-3.2450.29111410.2357269270
3.245-3.49530.26941670.2064316883
3.4953-3.84660.23911890.1944358493
3.8466-4.40230.22831940.1624378899
4.4023-5.54270.18042050.15823827100
5.5427-34.4450.17812030.1619382199

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る