PDB-7byt: Crystal structure of exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7byt

タイトル

Crystal structure of exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete chrysosporium Pc1,3Gal43A with galactose

要素

Galactan 1,3-beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase family 43 / exo-beta-1 / 3-galactanase / arabinogalactan degrade / complex with galactotriose / carbohydrate binding module family 35

機能・相同性

機能・相同性情報

galactan 1,3-beta-galactosidase / galactan 1,3-beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Phanerochaete chrysosporium (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Matsuyama, K. / Ishida, T. / Kishine, N. / Fujimoto, Z. / Igarashi, K. / Kaneko, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Unique active-site and subsite features in the arabinogalactan-degrading GH43 exo-beta-1,3-galactanase from Phanerochaete chrysosporium .
著者: Matsuyama, K. / Kishine, N. / Fujimoto, Z. / Sunagawa, N. / Kotake, T. / Tsumuraya, Y. / Samejima, M. / Igarashi, K. / Kaneko, S.

履歴

登録	2020年4月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7byt.cif.gz	116.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7byt.ent.gz	83.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7byt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7byt_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7byt_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7byt_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	7byt_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7byt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7byt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bysC 7byvC 7byxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dka-5 4j33-1 2g0b-10 6dk9-4 7bys-2 1oqm-1 4g8o-4 6bj5-3 4etw-2 6dwu-29 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galactan 1,3-beta-galactosidase

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Software (PISA) determined protein interfaces has not revealed any specific interactions that could result in the formation of stable quaternary structures.

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.818, 66.565, 106.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Galactan 1,3-beta-galactosidase / exo-beta-1 / 3-galactanase 分子量: 45535.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: Q50KB2, galactan 1,3-beta-galactosidase

-
糖 , 4種, 5分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 521分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#7: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#8: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 16 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 10000, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris (pH 5.5), 5 % (v/v) glycerol, Crystal was soaked into 1 % (w/v) beta-1,3-galactotriose for 5 min

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日
放射	モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 57278 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 10.11 Å² / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 48.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 21 / Num. unique obs: 5493 / R_sym value: 0.109 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3546	精密化
REFMAC	5.8.0238	精密化
Coot		モデル構築
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1300016321

解像度: 1.5→41.56 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1599	2884	-	Random selection
R_work	0.1341	-	-	-
obs	-	57105	97.51 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.9 Å² / B_iso mean: 12.4109 Å² / B_iso min: 4.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3218	0	121	512	3851

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.554 Å /

	R_factor	%反射
R_free	0.1793	-
R_work	0.1271	-
obs	-	94.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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