PDB-7bvv: Crystal structure of sulfonic peroxiredoxin Ahp1 in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bvv

タイトル

Crystal structure of sulfonic peroxiredoxin Ahp1 in complex with thioredoxin Trx2

要素

Peroxiredoxin AHP1
Thioredoxin-2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / thioredoxin / alkyl hydroperoxide reductase / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane fusion priming complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / sulfate assimilation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / disulfide oxidoreductase activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Lian, F.M. / Jiang, Y.L. / Yang, W. / Yang, X.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of sulfonic peroxiredoxin Ahp1 in complex with thioredoxin Trx2 mimics a conformational intermediate during the catalytic cycle.
著者: Lian, F.M. / Jiang, Y.L. / Yang, W. / Yang, X.

履歴

登録	2020年4月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bvv.cif.gz	71 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bvv.ent.gz	50.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dssS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r9u-2 5mit-1 2wv0-1 3r9u-1 2wv0-4 2an1-1 3cty-d 2afg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxiredoxin AHP1

B: Thioredoxin-2

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxiredoxin AHP1

B: Thioredoxin-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	6_545	-x+1/2,-y-1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	8_445	x-1/2,-y-1/2,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.500, 132.800, 76.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-203- HOH

#1: タンパク質	Peroxiredoxin AHP1 / Prx / Alkyl hydroperoxide reductase / AHPC1 / Cytoplasmic thiol peroxidase 3 / cTPx 3 / Thiol- ...Prx / Alkyl hydroperoxide reductase / AHPC1 / Cytoplasmic thiol peroxidase 3 / cTPx 3 / Thiol-specific antioxidant II / TSA II / Thioredoxin peroxidase type II / TPx type II 分子量: 19180.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AHP1, YLR109W, L2916, L9354.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P38013, peroxiredoxin
#2: タンパク質	Thioredoxin-2 / Thioredoxin II / TR-II / Thioredoxin-1 分子量: 12214.898 Da / 分子数: 1 / Mutation: C34S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRX2, TRX1, YGR209C, G7746 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P22803
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% polyethylene glycol 3,350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 16850 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.1 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.12→2.23 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2424 / CC_1/2: 0.904 / R_pim(I) all: 0.195 / R_rim(I) all: 0.53 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DSS

4dss

解像度: 2.12→38.525 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.195 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2439	824	4.895 %	Random selection
R_work	0.2111	-	-	-
all	0.213	-	-	-
obs	-	16833	99.958 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.033 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.552 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.282 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.834 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→38.525 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2120	0	0	81	2201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.636	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.316	1.577	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.345	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.626	25.581	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.066	15	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.755	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	909
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.269	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.522	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.665	3.404	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.666	3.402	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.93	5.095	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.929	5.098	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.891	3.62	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.891	3.62	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.48	5.281	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.479	5.281	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.914	38.507	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.914	38.494	2320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.175	0.293	59	0.279	1173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.234	0.333	59	0.233	1117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.234-2.299	0.238	51	0.222	1110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.299-2.37	0.268	62	0.232	1063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.447	0.365	51	0.229	1067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.447-2.533	0.316	47	0.241	985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.628	0.341	47	0.235	976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.735	0.278	46	0.233	942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.735-2.856	0.317	41	0.236	921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.856-2.995	0.246	61	0.232	846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.995-3.156	0.254	38	0.237	827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.156-3.346	0.234	39	0.238	785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.346-3.576	0.222	43	0.22	734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.86	0.246	30	0.21	692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.225	0.177	35	0.166	646	X-RAY DIFFRACTION	99.8534
4.225-4.718	0.161	35	0.154	577	X-RAY DIFFRACTION	100
4.718-5.437	0.197	29	0.173	515	X-RAY DIFFRACTION	100
5.437-6.632	0.248	29	0.191	445	X-RAY DIFFRACTION	100
6.632-9.271	0.164	12	0.175	362	X-RAY DIFFRACTION	100
9.271-38.525	0.241	10	0.189	226	X-RAY DIFFRACTION	98.7448

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関連情報:EMDBヘッダ

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