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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bvl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glucose isomerase delivered in wheat starch | ||||||
![]() | Xylose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / glucose isomerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nam, K.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Polysaccharide-Based Injection Matrix for Serial Crystallography. 著者: Nam, K.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7bvmC ![]() 7bvnC ![]() 7bvoC ![]() 5zydS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 % |
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結晶化 | 温度: 293.5 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→72.4 Å / Num. obs: 33248 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 148.5 % / CC1/2: 0.9755 / CC star: 0.9937 / R split: 1.722E-6 / Net I/σ(I): 4.01 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 3247 / CC1/2: 0.5966 / CC star: 0.8644 / R split: 6.564E-6 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | 解説: commercial syringe / Flow rate: 0.2 µL/min / Injector diameter: 168 µm / Injector temperature: 298.15 K |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ZYD 解像度: 2→70.749 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.17
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.71 Å2 / Biso mean: 30.0184 Å2 / Biso min: 14.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→70.749 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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