PDB-7bv0: HEV-C E2s

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bv0

タイトル

HEV-C E2s

要素

Protein ORF2

キーワード

VIRAL PROTEIN / ORF2 / E2S

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum / T=1 icosahedral viral capsid / host cell surface / host cell Golgi apparatus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Bai, C.Z. / Qi, J.X.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of emerging human-infected hepatitis E virus E2s at 1.8 Angstroms resolution
著者: Bai, C.Z. / Qi, J.X. / Wang, Q.H.

履歴

登録	2020年4月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bv0.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bv0.ent.gz	61.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bv0_validation.pdf.gz	417.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bv0_full_validation.pdf.gz	417.4 KB	表示
XML形式データ	7bv0_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	7bv0_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ggqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kee-d 1syd-d 3d6c-d 1sty-d 3shl-d 2w3l-1 2enb-d 3evq-d 5kv4-d 6u5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein ORF2

25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.660, 107.660, 75.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HOH
2	1	A-383- HOH
3	1	A-426- HOH
4	1	A-475- HOH
5	1	A-506- HOH
6	1	A-528- HOH

#1: タンパク質	Protein ORF2 分子量: 25772.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G1TVH2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: batch mode 詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 3.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 0.988 Å
検出器	タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.801→46.618 Å / Num. obs: 24297 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.801→1.8736 Å / Num. unique obs: 24297 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GGQ

3ggq

解像度: 1.801→46.618 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	1228	5.05 %
R_work	0.1709	-	-
obs	0.1718	24297	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.67 Å² / B_iso mean: 22.7474 Å² / B_iso min: 10.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→46.618 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1169	0	0	237	1406
B_iso mean	-	-	-	37.26	-
残基数	-	-	-	-	151

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8015-1.8736	0.2243	145	0.2065	2446	99
1.8736-1.9589	0.2031	123	0.1814	2520	100
1.9589-2.0622	0.1805	135	0.1676	2506	100
2.0622-2.1914	0.2015	133	0.1758	2548	100
2.1914-2.3605	0.1912	121	0.1817	2540	100
2.3605-2.5981	0.2003	140	0.179	2552	100
2.5981-2.974	0.1998	149	0.1898	2558	100
2.974-3.7466	0.1806	135	0.1611	2627	100
3.7466-46.618	0.1689	147	0.1546	2772	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.7706 Å / Origin y: -37.79 Å / Origin z: -9.1327 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0758 Å²	-0.0078 Å²	0.0248 Å²	-	0.0769 Å²	-0.0135 Å²	-	-	0.0806 Å²
L	0.4592 °²	-0.1264 °²	-0.3107 °²	-	0.3098 °²	-0.0068 °²	-	-	0.4786 °²
S	0.053 Å °	-0.0014 Å °	0.011 Å °	-0.0718 Å °	-0.0019 Å °	-0.0418 Å °	-0.0259 Å °	0.0519 Å °	0.059 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	80 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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