+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bui | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Complex of reduced oxygenase and oxidized ferredoxin in carbazole 1,9a- dioxygenase | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / carbazole catabolic process / organonitrogen compound catabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Janthinobacterium sp.![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matsuzawa, J. / Wang, Y.X. / Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Complex of reduced oxygenase and oxidized ferredoxin in carbazole 1,9a- dioxygenase 著者: Matsuzawa, J. / Wang, Y.X. / Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 296.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 236.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2de5S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 44910.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: J3 / 遺伝子: carAa / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 12448.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: carAc / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 497分子 ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-FES / ![]() #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #6: 化合物 | ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Buffer: 50 mM Tris pH 7.5, 10% v/v glycerol, Reservior: 0.1 M sodium cacodylate pH 5.7, 14% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.15→150 Å / Num. obs: 97397 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 4789 / CC1/2: 0.68 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2DE5 解像度: 2.15→62.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.621 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.183 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 171.01 Å2 / Biso mean: 51.325 Å2 / Biso min: 24.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→62.17 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|