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- PDB-7btj: Crystal structure of Pennisetum glaucum monodehydroascorbate redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7btj
タイトルCrystal structure of Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase in complex with FADH2
要素Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nucleotide Binding Oxidoreductase Activity Monodehydroascorbate Reductase (nadh) Activity Flavin Adenine Dinucleotide Binding
機能・相同性DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Cenchrus americanus (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.373 Å
データ登録者Sonkar, K.S. / Achary, M.M. / Reddy, M.K. / Arulandu, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)No.BT/PR18774/BIC/101/454/2016 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
著者: Sonkar, K.S. / Arulandu, A. / Achary, M.M. / Reddy, M.K.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年9月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / chem_comp / citation_author / database_2 / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / refine / refine_analyze / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI / _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI / _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI / _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _reflns.number_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct.title / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand identity
詳細: FAD is replaced with FADH2 in all four chains (A,B,C and D). We have confirmed this through spectroscopic analysis.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
B: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
C: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
D: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,17612
ポリマ－187,3734
非ポリマー5,8048
水9,962553
1
A: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2943
ポリマ－46,8431
非ポリマー1,4512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
2
B: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2943
ポリマ－46,8431
非ポリマー1,4512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
3
C: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2943
ポリマ－46,8431
非ポリマー1,4512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
4
D: Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2943
ポリマ－46,8431
非ポリマー1,4512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.730, 79.118, 90.687
Angle α, β, γ (deg.)96.390, 97.270, 111.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Pennisetum glaucum monodehydroascorbate reductase


分子量: 46843.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cenchrus americanus (植物) / 遺伝子: MDHAR / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: monodehydroascorbate reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000
PH範囲: 6.4 - 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→61.45 Å / Num. obs: 64802 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 2.21
反射 シェル解像度: 2.373→2.413 Å / Num. unique obs: 15670 / CC1/2: 0.997

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (11-DEC-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
ARP/wARP7.6モデル構築
BALBES1.0.0位相決定
PHENIX1.15-3459-000モデル構築
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JCI

5jci


解像度: 2.373→61.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU R Cruickshank DPI: 0.532 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.488 / SU Rfree Blow DPI: 0.261 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.269
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 3231 4.99 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.1886 64801 96.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 92.79 Å2 / Biso mean: 41.01 Å2 / Biso min: 14.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5957 Å22.761 Å2-5.1746 Å2
2--5.9714 Å2-1.7536 Å2
3----11.5671 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.373→61.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12847 0 388 553 13788
Biso mean--34.41 36.88 -
残基数----1728
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4467SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2483HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13557HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1793SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11647SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13557HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18480HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.88
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3305 75 5.78 %
Rwork0.2701 1222 -
obs--94.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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