[日本語] English
- PDB-7bsx: SDR protein NapW-NADP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bsx
タイトルSDR protein NapW-NADP
要素Short chain dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SDR / Rossmann / Resistance / NADPH / ANTIBIOTIC
機能・相同性Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Short chain dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces lusitanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wen, W.H. / Tang, G.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930002 中国
引用
ジャーナル: Nat Commun / : 2021
タイトル: Reductive inactivation of the hemiaminal pharmacophore for resistance against tetrahydroisoquinoline antibiotics.
著者: Wen, W.H. / Zhang, Y. / Zhang, Y.Y. / Yu, Q. / Jiang, C.C. / Tang, M.C. / Pu, J.Y. / Wu, L. / Zhao, Y.L. / Shi, T. / Zhou, J. / Tang, G.L.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of NapW-NADP at 2.00 Angstroms resolution
著者: Wen, W.H. / Tang, G.L.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
C: Short chain dehydrogenase
D: Short chain dehydrogenase
E: Short chain dehydrogenase
F: Short chain dehydrogenase
G: Short chain dehydrogenase
H: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,97416
ポリマ-290,0278
非ポリマー5,9478
29,6891648
1
A: Short chain dehydrogenase
E: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9944
ポリマ-72,5072
非ポリマー1,4872
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
2
B: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9944
ポリマ-72,5072
非ポリマー1,4872
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23130 Å2
手法PISA
3
C: Short chain dehydrogenase
G: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9944
ポリマ-72,5072
非ポリマー1,4872
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
4
D: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

H: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9944
ポリマ-72,5072
非ポリマー1,4872
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area3430 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.420, 116.040, 134.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLUGLU(chain 'A' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))AA9 - 22829 - 248
12TRPTRPARGARG(chain 'A' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))AA230 - 311250 - 331
23ALAALAGLUGLU(chain 'B' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))BB9 - 22829 - 248
24TRPTRPARGARG(chain 'B' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))BB230 - 311250 - 331
35ALAALAGLUGLU(chain 'C' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))CC9 - 22829 - 248
36TRPTRPARGARG(chain 'C' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))CC230 - 311250 - 331
47ALAALAGLUGLU(chain 'D' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))DD9 - 22829 - 248
48TRPTRPARGARG(chain 'D' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))DD230 - 311250 - 331
59ALAALAGLUGLU(chain 'E' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))EE9 - 22829 - 248
510TRPTRPARGARG(chain 'E' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))EE230 - 311250 - 331
611ALAALAGLUGLU(chain 'F' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))FF9 - 22829 - 248
612TRPTRPARGARG(chain 'F' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))FF230 - 311250 - 331
713ALAALAGLUGLU(chain 'G' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))GG9 - 22829 - 248
714TRPTRPARGARG(chain 'G' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))GG230 - 311250 - 331
815ALAALAGLUGLU(chain 'H' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))HH9 - 22829 - 248
816TRPTRPARGARG(chain 'H' and (resid 9 through 228 or resid 230 through 311))HH230 - 311250 - 331

-
要素

#1: タンパク質
Short chain dehydrogenase


分子量: 36253.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lusitanus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S4TKM8
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1648 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium sulfate, BIS-TRIS propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→58.27 Å / Num. obs: 238915 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.846 / Num. unique obs: 17659 / CC1/2: 0.836

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
xia2データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QQ5
解像度: 2→58.27 Å / SU ML: 0.216022089303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35749297834 / 位相誤差: 26.2141613512
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201680997825 11682 4.89259493485 %
Rwork0.177538099395 --
obs0.178754056467 238769 98.9297789121 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.8169175089 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→58.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18685 0 384 1648 20717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067733586393819912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.160008749927231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05480716752172989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005763182886373479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.864150902411614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02270.3285499543884100.2726931445657539X-RAY DIFFRACTION99.2136794808
2.0227-2.04650.3052518368453860.257456966447614X-RAY DIFFRACTION99.4282873478
2.0465-2.07150.3095317890573640.2409276285757567X-RAY DIFFRACTION99.4981809058
2.0715-2.09770.2609325581014490.2258141966297479X-RAY DIFFRACTION99.4106583072
2.0977-2.12530.2798211667313540.2241319835577616X-RAY DIFFRACTION99.4013469693
2.1253-2.15440.272362317663960.2209771841037590X-RAY DIFFRACTION99.4025392084
2.1544-2.18520.2539773188153580.2172374218057582X-RAY DIFFRACTION99.2748187047
2.1852-2.21780.253105313544160.2081468535827550X-RAY DIFFRACTION99.1289198606
2.2178-2.25250.2391034113473860.204544547677551X-RAY DIFFRACTION98.9897730107
2.2525-2.28940.2433205527554030.1950895061267552X-RAY DIFFRACTION99.0536670402
2.2894-2.32890.2013516635884030.1931321364227528X-RAY DIFFRACTION98.9519650655
2.3289-2.37120.2267832704092920.2016095141547650X-RAY DIFFRACTION98.7442496581
2.3712-2.41680.2576323557943860.1988947580117557X-RAY DIFFRACTION98.4995039683
2.4168-2.46620.2110541873893460.1877612155447524X-RAY DIFFRACTION98.3872984123
2.4662-2.51980.2144967589383220.1840453447657450X-RAY DIFFRACTION97.2350806956
2.5198-2.57840.206732536663720.1753786518777648X-RAY DIFFRACTION99.5902148268
2.5784-2.64290.2218509919013410.1807611313687657X-RAY DIFFRACTION99.8252621068
2.6429-2.71440.2316741549573700.1772251230767646X-RAY DIFFRACTION99.7511199602
2.7144-2.79420.2206018802244750.1778399521987550X-RAY DIFFRACTION99.6894409938
2.7942-2.88440.2251082442144800.1817723437157506X-RAY DIFFRACTION99.625748503
2.8844-2.98750.2061290499624400.1783223750517632X-RAY DIFFRACTION99.6420195038
2.9875-3.10710.2131231822863410.1872884936227571X-RAY DIFFRACTION99.2224730374
3.1071-3.24850.2038341514824160.1784949651037524X-RAY DIFFRACTION98.4256848891
3.2485-3.41980.1759876129774420.167678338787488X-RAY DIFFRACTION98.022249691
3.4198-3.6340.1655629705063830.1697116571577435X-RAY DIFFRACTION96.8173374613
3.634-3.91450.218939264093640.1617950842727559X-RAY DIFFRACTION98.8151658768
3.9145-4.30830.1696854142334330.1450935047237630X-RAY DIFFRACTION99.4695287441
4.3083-4.93150.1487891575943680.1463865083717662X-RAY DIFFRACTION99.2828882295
4.9315-6.2120.1835509339554030.1676783662287645X-RAY DIFFRACTION98.7605841208
6.212-58.270.1700772297943830.1773921939987585X-RAY DIFFRACTION96.511627907

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る