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- PDB-7bqo: The structure of HpiI in complex with its substrate analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bqo
タイトルThe structure of HpiI in complex with its substrate analogue
要素HpiI
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / pericyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolite biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F56 / IMIDAZOLE / O-methyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hymenoscyphus scutula (ニセビョウタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Cai, Y.J. / Ohashi, M. / Zhou, J.H. / Tang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)91856202 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0901900 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: An enzymatic Alder-ene reaction.
著者: Ohashi, M. / Jamieson, C.S. / Cai, Y. / Tan, D. / Kanayama, D. / Tang, M.C. / Anthony, S.M. / Chari, J.V. / Barber, J.S. / Picazo, E. / Kakule, T.B. / Cao, S. / Garg, N.K. / Zhou, J. / Houk, K.N. / Tang, Y.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HpiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8135
ポリマ－52,1061
非ポリマー7074
水8,179454
1
A: HpiI
ヘテロ分子

A: HpiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,62610
ポリマ－104,2122
非ポリマー1,4148
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_857-x+3,y,-z+5/21
Buried area11550 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.113, 145.917, 90.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HpiI


分子量: 52106.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hymenoscyphus scutula (ニセビョウタケ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1F8A906*PLUS

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非ポリマー , 5種, 458分子

#2: 化合物 ChemComp-F56 / 3-[(E,2S,4S)-2,4-dimethyloct-6-enoyl]-4-oxidanyl-1H-pyridin-2-one


分子量: 263.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% PEG8000, 40mM potassium phosphate monobasic, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→19.721 Å / Num. obs: 96254 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.53-1.5612.31.0775772147090.860.3211.1252.699.9
8.38-19.72130.0479326100.9990.0120.04256.292.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.2.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BQJ

7bqj


解像度: 1.53→19.721 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1824 4815 5 %
Rwork0.166 --
obs0.1668 96212 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.47 Å2 / Biso mean: 18.6347 Å2 / Biso min: 8.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.53→19.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3575 0 49 454 4078
Biso mean--31.94 25.15 -
残基数----450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0183708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5125021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.33551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1773082
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.53-1.54740.30721690.29273003
1.5474-1.56560.26251370.24483052
1.5656-1.58470.23241400.22643008
1.5847-1.60470.24541680.20672993
1.6047-1.62580.24291600.21023037
1.6258-1.64810.23341460.20333013
1.6481-1.67160.20161560.18753063
1.6716-1.69650.2121860.17733001
1.6965-1.7230.19831450.16453026
1.723-1.75130.18321700.16433010
1.7513-1.78150.16331640.16083001
1.7815-1.81380.19821530.16213033
1.8138-1.84870.19791470.16313037
1.8487-1.88640.19241550.16573038
1.8864-1.92740.19311710.16723020
1.9274-1.97220.1791470.16913046
1.9722-2.02140.19951700.16853027
2.0214-2.0760.19731320.1633065
2.076-2.13710.16911740.16163052
2.1371-2.2060.17461470.15383064
2.206-2.28470.1791730.15723017
2.2847-2.3760.15311620.15113050
2.376-2.4840.18111560.16523042
2.484-2.61460.17491680.1683057
2.6146-2.7780.17541560.16623060
2.778-2.99190.20721620.17023093
2.9919-3.29170.16081760.16973062
3.2917-3.76510.1611730.15883080
3.7651-4.73280.16861910.14563103
4.7328-19.7210.18221610.15913244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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