PDB-7bnr: Crystal structure of a ParB Q52A mutant from Myxococcus xanthus b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bnr

タイトル

Crystal structure of a ParB Q52A mutant from Myxococcus xanthus bound to CTPyS

要素

ParB family protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding protein / CTP / Myxococcus / DNA-segregation

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosome segregation / chromosome / hydrolase activity / nucleotide binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Myxococcus xanthus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Altegoer, F. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: The CTPase activity of ParB determines the size and dynamics of prokaryotic DNA partition complexes.
著者: Osorio-Valeriano, M. / Altegoer, F. / Das, C.K. / Steinchen, W. / Panis, G. / Connolley, L. / Giacomelli, G. / Feddersen, H. / Corrales-Guerrero, L. / Giammarinaro, P.I. / Hanssmann, J. / ...

履歴

登録	2021年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/7bnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/7bnr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7bnkSC 7o0nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6go6-d 6nc6-1 3u5n-d 3gll-d 2uve-1 0906 5lrv-d 5d4b-1 6eqp-d 7bnk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ParB family protein

B: ParB family protein

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.750, 80.870, 135.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	ParB family protein 分子量: 23435.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK 1622) (バクテリア) 株: DK 1622 / 遺伝子: MXAN_7476 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1CVJ4
#2: 化合物	ChemComp-UFQ / Cytosine 5'-[gamma-thio]triphosphate / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-sulfanyl-phosphinic acid / CTP-γ-S 分子量: 499.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→43.39 Å / Num. obs: 56287 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.24 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.67
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 7929 / CC_1/2: 0.457

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BNK

7bnk

解像度: 1.7→43.35 Å / SU ML: 0.1834 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.0597
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2107	2811	5 %	RANDOM
R_work	0.1823	53458	-	-
obs	0.1837	56269	99.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3006	0	66	306	3378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	3187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2534	4331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0621	501
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	563
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.4156	485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.73	0.2645	139	0.2594	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.73-1.76	0.3054	139	0.2519	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2644	136	0.2401	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.79-1.83	0.2672	140	0.2175	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.83-1.87	0.2125	137	0.1974	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.87-1.91	0.239	141	0.1885	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.91-1.96	0.2277	137	0.1879	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.96-2.02	0.2038	139	0.1877	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.07	0.2492	140	0.192	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.07-2.14	0.2083	138	0.1915	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.22	0.2054	140	0.1805	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.22-2.31	0.1875	141	0.1796	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.31-2.41	0.2173	140	0.1858	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.54	0.2498	140	0.1931	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.54-2.7	0.2321	141	0.1959	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.91	0.2042	141	0.1929	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.91-3.2	0.2308	142	0.1875	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.66	0.2102	143	0.1735	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.61	0.1608	145	0.1504	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.61-43.35	0.2073	152	0.1779	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.69670165055	-0.00907990790335	-0.18721038925	6.19472971114	0.259642249171	1.551860579	-0.0102363728457	0.0951240886087	0.0655171192461	-0.316405465363	0.0208492430534	-0.182825129699	-0.0495440110793	0.0766978311732	-0.0215741110786	0.176196596467	-0.0131721766967	0.0173926051102	0.182876277063	0.0182339156801	0.133727240441	-10.0867326934	25.3697885281	-37.0148742475
2	1.57463235261	-1.14083518237	0.177877919621	2.52813253899	-0.519013062196	0.593909685199	-0.0494707808266	-0.169734880294	-0.080073046805	0.0811682149501	0.0689762300714	-0.0601437887719	0.0568634930513	0.0707342810674	0.00424434873023	0.183518964343	-0.00897030217414	-0.0155782247599	0.229843242088	0.00160536825466	0.183798810999	-7.30107003907	12.5254017989	-24.4058414141
3	5.87771448151	0.921018308445	1.22222595561	4.24397965314	-0.359069579904	4.79789750957	0.322889842893	-0.280545550507	0.0474841238867	0.679862332855	-0.37483141923	-0.361303653313	-0.397791909802	1.16623081311	0.104537312248	0.551927210571	-0.15708819631	-0.0738374814544	0.788912874303	0.0732471291046	0.365793247376	10.1408675237	6.88187268723	-4.90298406997
4	2.11887651109	0.687807772376	-0.188497442325	4.46483548345	1.64053203817	2.53311569596	0.0479759374938	-0.233984656996	-0.106502292469	0.321744434029	-0.0116722180431	0.171147160716	0.125806183975	-0.0302612810098	-0.0175685348033	0.17933487016	-0.00797799028292	0.017156462147	0.219690130249	0.00931692703279	0.217028221519	-24.0289049206	14.543862529	-21.7893842982
5	5.01805167114	1.86983134612	2.35910037491	2.20204122411	3.72687391637	6.71238196312	0.153760986813	0.00949717266358	-0.0357776186719	0.148812988026	-0.0995916784597	0.0181045585824	0.183091272054	-0.175505983842	0.0535734881122	0.202798225073	0.0126997650068	0.00413717444707	0.213475449199	0.0277136530567	0.211752082915	-13.4956447384	6.51659307621	-28.2532149813
6	1.90354695465	0.640126507143	0.615836831832	2.59841330386	0.652719288105	1.97960657522	-0.0629321622457	-0.242280764972	0.245710510428	0.438053949119	0.0448475231728	-0.213270297745	-0.202483720299	0.157833119605	0.0118742590681	0.267585353065	-0.0229806403882	-0.0458748203591	0.235164569741	-0.037470320338	0.206360422824	-7.60597887787	35.8477703895	-17.2118090438
7	6.99396638382	-2.56921079653	0.248139209203	7.85082801654	-2.47952932524	9.05559466512	-0.22472204004	-0.204315188636	0.261755864777	0.449687650187	0.247963443311	-1.07205313831	0.0729192370178	1.40039891263	0.0682980596025	0.545438004919	0.124681435625	-0.0566226011705	0.874684879766	-0.0613551384499	0.468901503083	8.34320512349	35.2434188529	-6.35721665507
8	2.87140796542	4.03820476938	4.22111713019	5.94036802862	6.29507978044	6.70152970988	-0.0713452346238	-0.97811981858	0.0903841086115	0.490615881545	0.430782113909	-0.263071425653	0.245350905773	0.807308351681	-0.221460144623	0.907256024115	0.134924021916	-0.15747813839	1.10706153743	0.059120838385	0.713771349967	7.83841095712	35.3043237237	2.50260401219

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 37 through 101 )	A	A	37 - 101	1 - 69
2	2	chain 'A' and (resid 102 through 190 )	A	A	102 - 190	70 - 165
3	3	chain 'A' and (resid 191 through 231 )	A	A	191 - 231	166 - 206
4	4	chain 'B' and (resid 38 through 115 )	B	D	38 - 115	1 - 84
5	5	chain 'B' and (resid 116 through 128 )	B	D	116 - 128	85 - 99
6	6	chain 'B' and (resid 129 through 190 )	B	D	129 - 190	100 - 163
7	7	chain 'B' and (resid 191 through 219 )	B	D	191 - 219	164 - 192
8	8	chain 'B' and (resid 220 through 233 )	B	D	220 - 233	193 - 206

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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