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万見
- PDB-7bmf: Crystal structure of RecJCdc45 from Methanothermobacter thermoaut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bmf
タイトルCrystal structure of RecJCdc45 from Methanothermobacter thermoautotroficus in complex with dCTP
要素Conserved protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / nucleic acid binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DHH-CID domain / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) - #30 / : / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain ...: / DHH-CID domain / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) - #30 / : / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者De March, M. / Onesti, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RecJCdc45 from Methanothermobacter thermoautotroficus
著者: De March, M. / Onesti, S.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved protein
B: Conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,53219
ポリマ－101,4432
非ポリマー2,08917
水3,711206
1
A: Conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,88111
ポリマ－50,7211
非ポリマー1,15910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6518
ポリマ－50,7211
非ポリマー9297
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.750, 53.880, 86.720
Angle α, β, γ (deg.)79.860, 82.770, 63.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Conserved protein / phosphodiesterase


分子量: 50721.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (strain ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H) (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: MTH_1422 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27473

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非ポリマー , 5種, 223分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M bis-Tris propane pH 6.5, 14% w/v PEG 3350, 0.2M sodium nitrate, 1mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.23 Å / Num. obs: 42571 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.942 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3602 / CC1/2: 0.831

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TVV

6tvv


解像度: 2.2→42.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 7.549 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2991 2785 5.1 %RANDOM
Rwork0.2535 ---
obs0.2558 42570 94.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.79 Å2 / Biso mean: 30.87 Å2 / Biso min: 8.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0.01 Å20.16 Å2
2--0.09 Å2-0.01 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→42.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6491 0 102 206 6799
Biso mean--37.61 30.92 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0196687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.9859060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.124314288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5315886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0523.783267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.494151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0471544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021472
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 186 -
Rwork0.324 3289 -
obs--82.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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