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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bm1 | ||||||
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タイトル | Notum_Valsartan complex | ||||||
![]() | Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM | ||||||
![]() | HYDROLASE / Notum Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, Y. / Jones, E.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Notum Inhibitor 著者: Zhao, Y. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 885.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 886.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7bltC ![]() 7bluC ![]() 7blwC ![]() 7bm3C ![]() 7bm7C ![]() 7bn5C ![]() 7bn8C ![]() 7bnbC ![]() 7bncC ![]() 7bneC ![]() 7bnfC ![]() 7bnjC ![]() 7bo2C ![]() 7bo5C ![]() 4uz1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 146分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/U35.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/U35.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-U35 / ( | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate, pH4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→73.99 Å / Num. obs: 74845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.39 Å / Num. unique obs: 3654 / CC1/2: 0.483 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4uz1 解像度: 1.37→53.95 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.57 Å2 / Biso mean: 24.7359 Å2 / Biso min: 11.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.37→53.95 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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