PDB-7blt: Notum_Maybridge_4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7blt

タイトル

Notum_Maybridge_4

要素

Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM

キーワード

HYDROLASE / Notum Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Jones, E.Y.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Notum Inhibitor
著者: Zhao, Y. / Jones, E.Y.

履歴

登録	2021年1月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7blt.cif.gz	89.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7blt.ent.gz	64 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7blt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/7blt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/7blt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bluC 7blwC 7bm1C 7bm3C 7bm7C 7bn5C 7bn8C 7bnbC 7bncC 7bneC 7bnfC 7bnjC 7bo2C 7bo5C 4uz1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b8d-d 7b86-d 7b89-d 7bc9-d 7b8g-d 7bd2-d 7bnf-d 7bmd-d 7bop-5 4uz6-1 7bdg-d 7b37-d 7b7y-d 7bm1-d 2vut-4 6tr7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.700, 72.320, 78.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM / hNOTUM

分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase

#2: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-U2T / 3-(4-~{tert}-butylphenyl)-1,2,4-oxadiazole-5-carbohydrazide

分子量: 260.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate, pH4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→46.04 Å / Num. obs: 99343 / % possible obs: 93.52 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.87
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / Num. unique obs: 284 / CC_1/2: 0.5076

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UZ1

4uz1

解像度: 1.2→36.16 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	4814	4.85 %
R_work	0.1993	94529	-
obs	0.1998	99343	93.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.18 Å² / B_iso mean: 21.2673 Å² / B_iso min: 11.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→36.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2751	0	58	123	2932
B_iso mean	-	-	35.37	26.66	-
残基数	-	-	-	-	342

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.2689	102	0.2864	1751	1853	53
1.21-1.23	0.3202	95	0.2735	1947	2042	59
1.23-1.24	0.3107	90	0.2771	2215	2305	65
1.24-1.26	0.2672	128	0.2754	2468	2596	74
1.26-1.28	0.2667	126	0.258	2690	2816	81
1.28-1.29	0.2839	165	0.2492	2890	3055	87
1.29-1.31	0.2435	166	0.246	3054	3220	92
1.31-1.33	0.2423	171	0.2285	3208	3379	96
1.33-1.35	0.2276	183	0.2124	3265	3448	98
1.35-1.37	0.2389	183	0.2151	3278	3461	99
1.37-1.4	0.2244	167	0.2134	3351	3518	100
1.4-1.42	0.2359	159	0.2099	3364	3523	100
1.42-1.45	0.2168	180	0.2004	3323	3503	100
1.45-1.48	0.2276	162	0.2023	3331	3493	100
1.48-1.51	0.2008	154	0.1862	3372	3526	100
1.51-1.55	0.2027	173	0.1869	3348	3521	100
1.55-1.59	0.1943	175	0.1882	3367	3542	100
1.59-1.63	0.217	187	0.1918	3326	3513	100
1.63-1.68	0.1971	158	0.188	3374	3532	100
1.68-1.73	0.2222	194	0.1881	3334	3528	100
1.73-1.79	0.1922	157	0.1906	3373	3530	100
1.79-1.86	0.1921	160	0.1921	3394	3554	100
1.86-1.95	0.2052	152	0.187	3386	3538	100
1.95-2.05	0.198	165	0.1887	3409	3574	100
2.05-2.18	0.1884	177	0.1841	3392	3569	100
2.18-2.35	0.2083	189	0.1933	3364	3553	100
2.35-2.59	0.212	179	0.198	3426	3605	100
2.59-2.96	0.1893	157	0.205	3435	3592	100
2.96-3.73	0.218	166	0.2013	3490	3656	100
3.73-36.16	0.2156	194	0.2	3604	3798	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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