PDB-7bk9: Crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bk9

タイトル

Crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehydratase (FabA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with DDD00078426

要素

3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

キーワード

LYASE / FabA / PA1610

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / unsaturated fatty acid biosynthetic process / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H. / Robinson, D.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of 3-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehydratase (FabA) from Pseudomonas aeruginosa
著者: Naismith, J.H. / Moynie, L. / Robinson, D.A.

履歴

登録	2021年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bk9.cif.gz	174 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bk9.ent.gz	139.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bk9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bk9_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bk9_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7bk9_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	7bk9_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/7bk9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bkaC 4cl6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4b0b-d 4b0j-2 4b0j-3 4b0j-1 4b0j-8 4fq9-5 4b8u-1 6rr4-2 4b0j-7 4b0j-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

D: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

C: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

E: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

95.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

C: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

E: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.640, 143.500, 77.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.080, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	A	A	2 - 171	2 - 171
2	1	PHE	PHE	B	B	2 - 171	2 - 171
1	2	PHE	PHE	A	A	2 - 165	2 - 165
2	2	PHE	PHE	D	C	2 - 165	2 - 165
1	3	PHE	PHE	A	A	2 - 165	2 - 165
2	3	PHE	PHE	C	D	2 - 165	2 - 165
1	4	PHE	PHE	A	A	2 - 171	2 - 171
2	4	PHE	PHE	E	E	2 - 171	2 - 171
1	5	PHE	PHE	B	B	2 - 165	2 - 165
2	5	PHE	PHE	D	C	2 - 165	2 - 165
1	6	PHE	PHE	B	B	2 - 165	2 - 165
2	6	PHE	PHE	C	D	2 - 165	2 - 165
1	7	PHE	PHE	B	B	2 - 171	2 - 171
2	7	PHE	PHE	E	E	2 - 171	2 - 171
1	8	THR	THR	D	C	2 - 166	2 - 166
2	8	THR	THR	C	D	2 - 166	2 - 166
1	9	PHE	PHE	D	C	2 - 165	2 - 165
2	9	PHE	PHE	E	E	2 - 165	2 - 165
1	10	PHE	PHE	C	D	2 - 165	2 - 165
2	10	PHE	PHE	E	E	2 - 165	2 - 165

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase / ...3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase / Trans-2-decenoyl-[acyl-carrier-protein] isomerase 分子量: 18768.533 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: fabA, PA1610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O33877, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase
#2: 化合物	ChemComp-U0W / 5-[(2,3-Dihydro-1H-inden-5-yloxy)methyl]-2-furoic acid / 5-(2,3-dihydro-1~{H}-inden-5-yloxymethyl)furan-2-carboxylic acid / 5-(indan-5-yloxymethyl)furan-2-carboxylic acid / 5-(Indan-5-yloxymethyl)-furan-2-carboxylic acid / 5-[(2,3-dihydro-1H-inden-5-yloxy)methyl]furan-2-carboxylic acid 分子量: 258.269 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 4000, Ammonium sulfate, sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→66.08 Å / Num. obs: 83719 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4174 / CC_1/2: 0.456

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CL6

4cl6

解像度: 1.94→66.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 4.503 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2256	4229	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1994	-	-	-
obs	0.2008	79490	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.9 Å² / B_iso mean: 43.3 Å² / B_iso min: 29.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4 Å²	0 Å²	1.55 Å²
2-	-	-3.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→66.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6431	0	133	161	6725
B_iso mean	-	-	52.43	44.27	-
残基数	-	-	-	-	834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6740
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	6265
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.665	9119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.386	1.603	14470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.504	5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.388	21.349	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.987	15	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.446	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1513

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5094	0.06
1	2	B	5094	0.06
2	1	A	4945	0.07
2	2	D	4945	0.07
3	1	A	4980	0.05
3	2	C	4980	0.05
4	1	A	5068	0.07
4	2	E	5068	0.07
5	1	B	5051	0.06
5	2	D	5051	0.06
6	1	B	4992	0.05
6	2	C	4992	0.05
7	1	B	5035	0.07
7	2	E	5035	0.07
8	1	D	4995	0.06
8	2	C	4995	0.06
9	1	D	4903	0.06
9	2	E	4903	0.06
10	1	C	4909	0.07
10	2	E	4909	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.99 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	330	-
R_work	0.325	5873	-
all	-	6203	-
obs	-	-	99.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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