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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bjd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CHK1-10pt-mutant complex with compound 3 | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase Chk1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PARKINSON'S DISEASE / LEUCINE-RICH REPEAT KINASE 2 / LRRK2 / CHECKPOINT KINASE 1 / CHK1 / MUTANT / SURROGATE / KINASE INHIBITOR / SBDD | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / Activation of ATR in response to replication stress / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of cell cycle / condensed nuclear chromosome / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / chromatin / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Williamson, D.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Design and Synthesis of Pyrrolo[2,3- d ]pyrimidine-Derived Leucine-Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) Inhibitors Using a Checkpoint Kinase 1 (CHK1)-Derived Crystallographic Surrogate. 著者: Williamson, D.S. / Smith, G.P. / Mikkelsen, G.K. / Jensen, T. / Acheson-Dossang, P. / Badolo, L. / Bedford, S.T. / Chell, V. / Chen, I.J. / Dokurno, P. / Hentzer, M. / Newland, S. / Ray, S.C. ...著者: Williamson, D.S. / Smith, G.P. / Mikkelsen, G.K. / Jensen, T. / Acheson-Dossang, P. / Badolo, L. / Bedford, S.T. / Chell, V. / Chen, I.J. / Dokurno, P. / Hentzer, M. / Newland, S. / Ray, S.C. / Shaw, T. / Surgenor, A.E. / Terry, L. / Wang, Y. / Christensen, K.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7bjeC ![]() 7bjhC ![]() 7bjjC ![]() 7bjmC ![]() 7bjoC ![]() 7bjrC ![]() 7bjxC ![]() 7bk1C ![]() 7bk2C ![]() 7bk3C ![]() 7bknC ![]() 7bkoC ![]() 5oopS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34094.207 Da / 分子数: 1 変異: N59L, V68I, L84M, Y86L, C87A, E91S, E134H, S147A, F149Y, G150S 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-TVT / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 7% PEG 8000, 0.1 M MES buffer pH 6.5, 20% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→43.97 Å / Num. obs: 20985 / % possible obs: 73.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.94 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1050 / CC1/2: 0.578 / % possible all: 19.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5oop 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.698 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1818 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.74 Å2 / Biso mean: 37.141 Å2 / Biso min: 14.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.107 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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