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- PDB-7bis: Crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bis
タイトルCrystal structure of 3-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehydratase (FabA)from Pseudomonas aeruginosa in complex with DDD00082063
要素3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
キーワードLYASE / FabA / PA1610
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / unsaturated fatty acid biosynthetic process / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / HotDog domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TZQ / 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Moynie, L. / Naismith, J.H.
資金援助1件
組織認可番号国
European Communitys Seventh Framework Programme
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehydratase (FabA)from Pseudomonas aeruginosa in complex with DDD00082063
著者: Naismith, J.H. / Moynie, L. / Robinson, D.A.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
C: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
D: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
E: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,19610
ポリマ－93,8435
非ポリマー1,3535
水90150
1
A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0784
ポリマ－37,5372
非ポリマー5412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
2
B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
C: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0784
ポリマ－37,5372
非ポリマー5412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
3
D: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
E: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0784
ポリマ－37,5372
非ポリマー5412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.885, 144.299, 76.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEAA2 - 1652 - 165
21PHEPHEBB2 - 1652 - 165
12PHEPHEAA2 - 1652 - 165
22PHEPHECC2 - 1652 - 165
13PHEPHEAA2 - 1652 - 165
23PHEPHEDD2 - 1652 - 165
14PHEPHEAA2 - 1652 - 165
24PHEPHEEE2 - 1652 - 165
15SERSERBB2 - 1702 - 170
25SERSERCC2 - 1702 - 170
16SERSERBB2 - 1702 - 170
26SERSERDD2 - 1702 - 170
17THRTHRBB2 - 1662 - 166
27THRTHREE2 - 1662 - 166
18SERSERCC2 - 1702 - 170
28SERSERDD2 - 1702 - 170
19THRTHRCC2 - 1662 - 166
29THRTHREE2 - 1662 - 166
110THRTHRDD2 - 1662 - 166
210THRTHREE2 - 1662 - 166

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase / ...3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase / Trans-2-decenoyl-[acyl-carrier-protein] isomerase


分子量: 18768.533 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: fabA, PA1610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O33877, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase
#2: 化合物
ChemComp-TZQ / 5-[(3-chloranyl-4-fluoranyl-phenoxy)methyl]furan-2-carboxylic acid


分子量: 270.641 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8ClFO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG, Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→83.85 Å / Num. obs: 59206 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.96→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.856 / Num. unique obs: 2960 / CC1/2: 0.545

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CL6

4cl6


解像度: 1.96→83.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.064 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 2885 4.9 %RANDOM
Rwork0.2098 ---
obs0.2108 56392 69.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.85 Å2 / Biso mean: 41.314 Å2 / Biso min: 23.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→83.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6384 0 90 50 6524
Biso mean--46.46 35.22 -
残基数----830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136625
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.6538959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2971.58714211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7985821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.80921.522335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.026151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1341546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021471
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A50310.03
12B50310.03
21A50250.04
22C50250.04
31A49760.05
32D49760.05
41A50450.03
42E50450.03
51B51060.05
52C51060.05
61B50930.05
62D50930.05
71B50490.02
72E50490.02
81C50520.07
82D50520.07
91C50530.04
92E50530.04
101D49850.05
102E49850.05
LS精密化 シェル解像度: 1.96→1.966 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 6 -
Rwork-107 -
obs--1.78 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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