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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bif | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of v22WRAP-T, a 7-bladed designer protein | |||||||||||||||
![]() | v22WRAP-T | |||||||||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Synthetic Construct | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() microtubule organizing center organization / microtubule plus-end binding / retrograde axonal transport / microtubule associated complex / dynein complex binding / cytoplasmic microtubule / kinetochore / neuron projection / neuronal cell body / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Lee, X.Y. / Mylemans, B. / Laier, I. / Voet, A.R.D. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and stability of the designer protein WRAP-T and its permutants. 著者: Mylemans, B. / Lee, X.Y. / Laier, I. / Helsen, C. / Voet, A.R.D. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 305.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 196.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 375 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30071.877 Da / 分子数: 4 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium thiocyanate pH 6.9, 20%(w/v)PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月30日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→57.37 Å / Num. obs: 166377 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 8.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 7202 / CC1/2: 0.969 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.214 / % possible all: 86.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ymu 解像度: 1.4→50.07 Å / SU ML: 0.1258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.4355 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→50.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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