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- PDB-7bi7: An Unexpected P-Cluster like Intermediate En Route to the Nitroge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bi7
タイトルAn Unexpected P-Cluster like Intermediate En Route to the Nitrogenase FeMo-co
要素FeMo cofactor biosynthesis protein NifB
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / NITROGENASE / RADICAL SAM ENZYME / IRON-MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / MALONATE ION / NITRATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifB
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jenner, L.P. / Cherrier, M.V. / Amara, P. / Rubio, L.M. / Nicolet, Y.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: An unexpected P-cluster like intermediate en route to the nitrogenase FeMo-co.
著者: Jenner, L.P. / Cherrier, M.V. / Amara, P. / Rubio, L.M. / Nicolet, Y.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FeMo cofactor biosynthesis protein NifB
B: FeMo cofactor biosynthesis protein NifB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,29110
ポリマ－65,0132
非ポリマー2,2788
水19811
1
A: FeMo cofactor biosynthesis protein NifB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6265
ポリマ－32,5071
非ポリマー1,1194
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FeMo cofactor biosynthesis protein NifB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6665
ポリマ－32,5071
非ポリマー1,1594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.870, 77.640, 90.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FeMo cofactor biosynthesis protein NifB / Nitrogenase cofactor maturase NifB / Radical SAM assemblase NifB / nitrogenase iron-molybdenum ...Nitrogenase cofactor maturase NifB / Radical SAM assemblase NifB / nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein


分子量: 32506.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (strain ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H) (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: MTH_1871 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27899

-
非ポリマー , 6種, 19分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4M SODIUM MALONATE (PH7), PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.71915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射モノクロメーター: WATER-COOLED FLAT DOUBLE SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.71915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→70.71 Å / Num. obs: 12056 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 87.35 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 1215 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.704 / % possible all: 63.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.10.3 (18-SEP-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y1X

6y1x


解像度: 3→60.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.419
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 1207 10.03 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2057 12030 90.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 152.57 Å2 / Biso mean: 77.22 Å2 / Biso min: 27.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.6676 Å20 Å21.6601 Å2
2---6.8925 Å20 Å2
3----18.7751 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→60.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 59 11 4114
Biso mean--94.81 45.39 -
残基数----550
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1423SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes712HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4218HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion590SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance22HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3335SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4218HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5814HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.91
LS精密化 シェル解像度: 3→3.04 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 23 9.54 %
Rwork0.2422 218 -
all0.2429 241 -
obs--56.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3948-1.58790.07914.67140.23641.7628-0.1070.2297-0.144-0.19480.22160.1292-0.18340.2981-0.1145-0.1057-0.12050.11650.1326-0.0243-0.2812-11.095535.047118.8043
22.8433-0.0468-0.62111.61480.33461.9562-0.1231-0.33120.20970.07920.01110.04290.16130.23870.112-0.09780.06040.01290.09330.005-0.254-12.796326.863153.3813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A7 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B7 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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