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万見
- PDB-7bhc: Escherichia coli YtfE E125L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bhc
タイトルEscherichia coli YtfE E125L
要素Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / di-iron
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nitrosative stress / protein repair / response to oxidative stress / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Repair of iron centres family / Iron-sulfur cluster repair protein YftE / Domain of Unknown function (DUF542) / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN ATOM / Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Silva, L.S.O. / Matias, P.M. / Romao, C.V. / Saraiva, L.M.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaSFRH/BD/118545/2016 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of RICs Iron Donation for Iron-Sulfur Cluster Biogenesis.
著者: Silva, L.S.O. / Matias, P.M. / Romao, C.V. / Saraiva, L.M.
履歴
登録2021年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_refine_tls_group / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
B: Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,03212
ポリマ－49,4092
非ポリマー62410
水5,819323
1
A: Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1087
ポリマ－24,7041
非ポリマー4046
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Iron-sulfur cluster repair protein YtfE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9245
ポリマ－24,7041
非ポリマー2204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.790, 49.608, 87.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.143, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
d_1ens_1
d_2ens_1

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.944226147871, -0.0172804015172, 0.328843989454), (-0.0145666260032, -0.999836493473, -0.0107144634333), (0.328975371545, 0.00532672912634, -0.944323477879) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.944226147871, -0.0172804015172, 0.328843989454), (-0.0145666260032, -0.999836493473, -0.0107144634333), (0.328975371545, 0.00532672912634, -0.944323477879)
ベクター: 15.6870589063, -21.9455057507, -90.3458090023)

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要素

#1: タンパク質 Iron-sulfur cluster repair protein YtfE / Regulator of cell morphogenesis and NO signaling / RCMNS


分子量: 24704.359 Da / 分子数: 2 / 変異: C30A C31A E125L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ytfE, b4209, JW4167
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P69506
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 % / 解説: needle shaped
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris-HCl, PEG 4000, Magnesium chloride, Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→53.2 Å / Num. obs: 41865 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.87→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 1.232 / Num. unique obs: 4140 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.767 / % possible all: 99.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FNN

5fnn


解像度: 1.87→53.2 Å / SU ML: 0.2826 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.7718 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 2037 4.87 %
Rwork0.1824 39805 -
obs0.1838 41842 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→53.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3460 0 30 323 3813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00253621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52874909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.99622267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.920.38161330.35782633X-RAY DIFFRACTION99.68
1.92-1.970.3161540.31992578X-RAY DIFFRACTION99.89
1.97-2.020.30451360.2892657X-RAY DIFFRACTION99.86
2.02-2.080.29821310.25662638X-RAY DIFFRACTION99.75
2.08-2.150.29251370.2382657X-RAY DIFFRACTION99.57
2.15-2.220.27241480.21412606X-RAY DIFFRACTION99.67
2.22-2.310.20981460.19512611X-RAY DIFFRACTION99.71
2.31-2.420.20271210.18412647X-RAY DIFFRACTION99.78
2.42-2.540.21410.17632650X-RAY DIFFRACTION99.82
2.54-2.70.2221370.18072666X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.910.22521350.17722647X-RAY DIFFRACTION99.78
2.91-3.20.23391370.18452667X-RAY DIFFRACTION99.93
3.2-3.670.22151260.16162682X-RAY DIFFRACTION99.89
3.67-4.620.15151220.13292714X-RAY DIFFRACTION99.82
4.62-53.20.15611330.17342752X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.07756933663-0.361676695461-0.1465230413473.898894177450.6497824312318.829107032510.07452647953080.217920291160.0175221125329-0.244533017932-0.0685505164938-0.2843647077050.101552023015-0.04442892505660.01904322753730.1896832448140.01540927317240.02627924677990.1691892700260.02422113352240.367482727587-83.9955856599-14.5756250531-45.0968850749
21.89943623496-0.04726401510860.08143932158262.52255632992-0.6558758595352.765195544530.08122346777360.06867868116770.0289264824497-0.127294611188-0.112151525684-0.0834916409079-0.0608589186582-0.02709943143330.003459867388010.1518616675130.02078778266390.01676745752570.217467402915-0.01376022770720.199931986441-101.417768589-4.65505150815-43.6418839808
33.171578316090.9293119919332.892367782945.297392794541.86247653433.353022659340.285530786293-0.9335642147360.2111992835371.29244543503-0.121493392732-1.08006220618-0.6354336134190.352892564316-0.0786378210651.0991808343-0.237449777821-0.1810942628060.802939873143-0.02491069594230.741246468055-77.8316485678-5.28531377906-75.6036767199
42.85369574880.0928686721035-1.321787484513.20448543703-1.845696336345.871695482270.117342335693-0.223734557325-0.003046129806460.341780637253-0.180832296045-0.1320093309380.08009805256640.07201034885010.04347740352540.445103181861-0.03925949303040.02767834585370.313270554411-0.03774151855480.229168751553-94.283180276-15.3334531681-82.6727997889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2-60 }A2 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|61-220 }A61 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|2-60 }B2 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|61-220 }B61 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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