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Yorodumi- PDB-7bff: Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated, I25... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bff | ||||||
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Title | Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated, I25A mutant. | ||||||
Components | 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6 | ||||||
Keywords | RIBOSOMAL PROTEIN / Circular permutant / native stacking / / designed amyloid fibril | ||||||
Function / homology | Function and homology information small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.66 Å | ||||||
Authors | Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Circular permutant of ribosomal protein S6 Authors: Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bff.cif.gz | 217 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7bff.ent.gz | 177 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bff.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7bff_validation.pdf.gz | 458 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7bff_full_validation.pdf.gz | 463.6 KB | Display | |
Data in XML | 7bff_validation.xml.gz | 21 KB | Display | |
Data in CIF | 7bff_validation.cif.gz | 31.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bff | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7bfcC 7bfdC 7bfeC 7bfgC 1risS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10089.470 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: I25A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria) Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / Gene: rpsF, TTHA0245 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q5SLP8 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M sodium thiocyanate 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.97625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 16, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.66→68.07 Å / Num. obs: 59779 / % possible obs: 83.8 % / Redundancy: 6.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 370499 / Scaling rejects: 156 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ris Resolution: 1.66→50.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.136 / SU ML: 0.081 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.126 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.23 Å2 / Biso mean: 28.263 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.66→50.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.66→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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