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- PDB-7be4: Crystal structure of MAP kinase p38 alpha in complex with inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7be4
タイトルCrystal structure of MAP kinase p38 alpha in complex with inhibitor SR159
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / MAPK14 / kinase inhibitor / structure-guided design / structural genomics consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence ...p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / D-glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of myoblast differentiation / negative regulation of hippo signaling / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / striated muscle cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / response to muscle stretch / positive regulation of brown fat cell differentiation / bone development / Neutrophil degranulation / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / DNA damage checkpoint signaling / stem cell differentiation / positive regulation of D-glucose import / cellular response to ionizing radiation / response to insulin / placenta development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / cellular response to virus / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TK5 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joerger, A.C. / Schroeder, M. / Roehm, S. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Development of a Selective Dual Discoidin Domain Receptor (DDR)/p38 Kinase Chemical Probe.
著者: Rohm, S. / Berger, B.T. / Schroder, M. / Chatterjee, D. / Mathea, S. / Joerger, A.C. / Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Tjaden, A. / Kovooru, L. / Kudolo, M. / Pohl, C. / Bullock, A.N. / Muller, ...著者: Rohm, S. / Berger, B.T. / Schroder, M. / Chatterjee, D. / Mathea, S. / Joerger, A.C. / Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Tjaden, A. / Kovooru, L. / Kudolo, M. / Pohl, C. / Bullock, A.N. / Muller, S. / Laufer, S. / Knapp, S.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0592
ポリマ－41,3951
非ポリマー6641
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.460, 75.240, 78.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41395.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-TK5 / 5-azanyl-~{N}-[[4-[[(2~{S})-4-cyclohexyl-1-[[(3~{R})-1-methylsulfonylpiperidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-1-phenyl-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 663.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H45N7O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% MMW PEG smear, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→78.19 Å / Num. obs: 23058 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 37.3277444709 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3333 / CC1/2: 0.747 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LAR

5lar


解像度: 2.1→50.6389 Å / SU ML: 0.294003724423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33416417525 / 位相誤差: 29.5764055922
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267854803463 1137 4.99363169221 %
Rwork0.214513173644 21632 -
obs0.21718782692 22769 96.8110889068 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.3287626909 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50.6389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 47 64 2691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008405921344942690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.006421216813663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612913602103418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059515979759485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.93824814951626
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.19560.3534806382441400.2760656933112713X-RAY DIFFRACTION98.753894081
2.1956-2.31140.5594986140681300.4033737879122440X-RAY DIFFRACTION89.2361111111
2.3114-2.45620.292186612241510.2442436277222742X-RAY DIFFRACTION99.1772368872
2.4562-2.64580.3108010155491270.253458933552738X-RAY DIFFRACTION98.6910093007
2.6458-2.9120.2783952607031510.2290421094932676X-RAY DIFFRACTION96.881425634
2.912-3.33330.2728430227951580.2267475355472727X-RAY DIFFRACTION98.2294858699
3.3333-4.19940.236445232791370.1804469241562742X-RAY DIFFRACTION96.936026936
4.1994-50.60.2155168443261430.182261433792854X-RAY DIFFRACTION96.5528350515
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.50149282010.477238843456-0.1380552762923.02294501356-0.3770324542023.315268437720.0313624586250.5319663681780.34325360722-0.4688604312020.1166024645560.8809595517680.00849365869525-0.706847974566-0.1211841828670.3560062281420.0184729828337-0.09465591183880.3985265974120.04394089498910.4524581307-9.63311183066-2.15432812879-16.9883342879
26.355073586860.274896231814-1.291883267363.108335580531.704351756294.990335713830.0195097323170.2767862631560.0470244238151-0.187147145106-0.144111569641-0.0112764133638-0.015988299341-0.01406103852170.1495848047710.2123373057190.0123592100971-0.006315587258030.2085268167080.03920031626520.1964664140212.6248839276-1.47180875355-18.2436227367
33.929866536980.515091471589-0.6690639528421.86362333213-0.2028113099271.6622028430.0963251819137-0.160106289796-0.0166367189394-0.0720069284155-0.15964799011-0.236230234146-0.04445022629620.3204193534020.07737731902960.29754957923-0.0158918741089-0.04370925271550.2523442158020.05307075619930.15443658116117.0205849749-6.16465033262-13.7639137114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 123 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 124 through 218 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 352 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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