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万見
- PDB-7bba: Structure of the TagL peptidoglycan binding domain from EAEC T6SS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bba
タイトルStructure of the TagL peptidoglycan binding domain from EAEC T6SS
要素Putative type VI secretion protein
キーワードPROTEIN BINDING / Peptidoglycan binding protein / type VI secretion system
機能・相同性Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / cell outer membrane / Type VI secretion protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Nguyen, V.S. / Cambillau, C. / Leone, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-14-CE14-0006-02 フランス
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Anchoring the T6SS to the cell wall: Crystal structure of the peptidoglycan binding domain of the TagL accessory protein.
著者: Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Cascales, E. / Roussel, A. / Cambillau, C. / Leone, P.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2021年8月4日ID: 5M3G
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative type VI secretion protein
B: Putative type VI secretion protein
C: Putative type VI secretion protein
D: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,38513
ポリマ－60,5204
非ポリマー8659
水3,171176
1
A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3223
ポリマ－15,1301
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3223
ポリマ－15,1301
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4184
ポリマ－15,1301
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3223
ポリマ－15,1301
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.890, 75.890, 177.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質
Putative type VI secretion protein


分子量: 15130.050 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EC042_4528 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 / 参照: UniProt: D3GUV9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 5.5-6.5 0.6-1 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.919762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→34.9 Å / Num. obs: 21834 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 72.08 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.43→2.57 Å / Num. unique obs: 3454 / CC1/2: 0.777

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (11-DEC-2020)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M38

5m38


解像度: 2.43→34.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU R Cruickshank DPI: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.413 / SU Rfree Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.246
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 1089 5 %RANDOM
Rwork0.2374 ---
obs0.2378 21796 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.73 Å2 / Biso mean: 75.57 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.973 Å20 Å20 Å2
2---7.973 Å20 Å2
3---15.9459 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→34.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3463 0 45 176 3684
Biso mean--88.45 64.02 -
残基数----449
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 21 4.82 %
Rwork0.2257 415 -
all0.2269 436 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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