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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bba | |||||||||
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タイトル | Structure of the TagL peptidoglycan binding domain from EAEC T6SS | |||||||||
![]() | Putative type VI secretion protein | |||||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Peptidoglycan binding protein / type VI secretion system | |||||||||
機能・相同性 | Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / membrane / Type VI secretion protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nguyen, V.S. / Cambillau, C. / Leone, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Anchoring the T6SS to the cell wall: Crystal structure of the peptidoglycan binding domain of the TagL accessory protein. 著者: Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Cascales, E. / Roussel, A. / Cambillau, C. / Leone, P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5m38S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15130.050 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 5.5-6.5 0.6-1 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→34.9 Å / Num. obs: 21834 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 72.08 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.57 Å / Num. unique obs: 3454 / CC1/2: 0.777 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5M38 解像度: 2.43→34.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU R Cruickshank DPI: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.413 / SU Rfree Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.246
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原子変位パラメータ | Biso max: 122.73 Å2 / Biso mean: 75.57 Å2 / Biso min: 30 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.43→34.9 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.43→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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