PDB-7bb9: Crystal structure of Lugdulysin E242Q Y315F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bb9

タイトル

Crystal structure of Lugdulysin E242Q Y315F mutant

要素

Lugdulysin E242Q Y315F

キーワード

HYDROLASE / Protease / peptidase / virulence factor

機能・相同性

Peptidase M30, hyicolysin / Peptidase M30 / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / Neutral metalloprotease

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus lugdunensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Ruff, M. / Prevost, G. / Prola, K. / Levy, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Lugdulysin E242Q Y315F mutant
著者: Ruff, M. / Prevost, G. / Prola, K. / Levy, N.

履歴

登録	2020年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bb9.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bb9.ent.gz	76.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bb8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lugdulysin E242Q Y315F

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.250, 96.250, 84.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2
Space group name Hall	P4ab2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z #3: y+1/2,-x+1/2,z #4: x+1/2,-y+1/2,-z #5: -x+1/2,y+1/2,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

#1: タンパク質	Lugdulysin E242Q Y315F 分子量: 47193.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus lugdunensis (バクテリア) 遺伝子: EQ812_06155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): wk6 / 参照: UniProt: A0A292DHH8
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5; 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350; 30 mM Magnesium chloride hexahydrate; 30 mM Calcium chloride dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.967→42.08 Å / Num. obs: 28567 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 19 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 6.13
反射シェル	解像度: 1.967→2.037 Å / Num. unique obs: 2679 / CC_1/2: 0.307 / % possible all: 93.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.17	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BB8

7bb8

解像度: 1.97→42.08 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	1995	-
R_work	0.19	-	-
obs	-	28497	99.3 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→42.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3234	0	4	304	3542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	3309
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8049	4479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0536	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.487	1244

LS精密化シェル

解像度: 1.97→2.037 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.3535	183
R_work	0.3196	-

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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