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万見
- PDB-7bb8: Crystal structure of Lugdulysin, a Staphylococcus lugdunensis M30... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bb8
タイトルCrystal structure of Lugdulysin, a Staphylococcus lugdunensis M30 zinc metallopeptidase
要素Neutral metalloprotease
キーワードHYDROLASE / Protease / Virulence factor / peptidase
機能・相同性Peptidase M30, hyicolysin / Peptidase M30 / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / ACETATE ION / CACODYLATE ION / Neutral metalloprotease
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus lugdunensis (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.506 Å
データ登録者Ruff, M. / Prevost, G. / Prola, K. / Levy, N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus lugdunensis protease, Lugdulysin
著者: Ruff, M. / Prevost, G. / Prola, K. / Levy, N.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutral metalloprotease
B: Neutral metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,98812
ポリマ－94,4212
非ポリマー56710
水16,898938
1
A: Neutral metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5336
ポリマ－47,2101
非ポリマー3235
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutral metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4556
ポリマ－47,2101
非ポリマー2455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.590, 68.190, 122.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neutral metalloprotease


分子量: 47210.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus lugdunensis (バクテリア)
遺伝子: EQ812_06155 / 発現宿主: Staphylococcus lugdunensis (バクテリア) / Variant (発現宿主): VISLISI_22 / 参照: UniProt: A0A292DHH8

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非ポリマー , 5種, 948分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 938 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5; 30% PEG 8000; 0.2 M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.506→39.77 Å / Num. obs: 162434 / % possible obs: 95.81 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.35
反射 シェル解像度: 1.506→1.56 Å / 冗長度: 1.4 % / Num. unique obs: 14979 / CC1/2: 0.264 / % possible all: 62.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.506→39.77 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 --
Rwork0.156 --
obs-157660 95.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 31.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.506→39.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5838 0 17 945 6800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00946023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93978182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.88872230
LS精密化 シェル解像度: 1.506→1.56 Å / Rfactor Rfree: 0.4157 / Rfactor Rwork: 0.4012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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