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- PDB-7bax: Crystal structure of LYS11 ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bax
タイトルCrystal structure of LYS11 ectodomain
要素LysM type receptor kinase
キーワードPLANT PROTEIN / LysM-RLK ectodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / protein kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LysM type receptor kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Laursen, M. / Cheng, J. / Gysel, K. / Blaise, M. / Andersen, K.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Kinetic proofreading of lipochitooligosaccharides determines signal activation of symbiotic plant receptors.
著者: Gysel, K. / Laursen, M. / Thygesen, M.B. / Lironi, D. / Bozsoki, Z. / Hjuler, C.T. / Maolanon, N.N. / Cheng, J. / Bjork, P.K. / Vinther, M. / Madsen, L.H. / Rubsam, H. / Muszynski, A. / ...著者: Gysel, K. / Laursen, M. / Thygesen, M.B. / Lironi, D. / Bozsoki, Z. / Hjuler, C.T. / Maolanon, N.N. / Cheng, J. / Bjork, P.K. / Vinther, M. / Madsen, L.H. / Rubsam, H. / Muszynski, A. / Ghodrati, A. / Azadi, P. / Sullivan, J.T. / Ronson, C.W. / Jensen, K.J. / Blaise, M. / Radutoiu, S. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2020年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0752
ポリマ－29,8531
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.940, 114.940, 59.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 LysM type receptor kinase


分子量: 29853.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: LYS11
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KTZ8
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 6.0, 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→40 Å / Num. obs: 8086 / % possible obs: 77.1 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 87.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 15.97
反射 シェル解像度: 2.88→2.95 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / Num. unique obs: 60 / CC1/2: 0.897 / Rrim(I) all: 0.472 / % possible all: 7.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSdata processing
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AU7

7au7


解像度: 2.9→38.08 Å / SU ML: 0.2735 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.0944
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 857 10.62 %
Rwork0.1879 7211 -
obs0.192 8068 79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1582 0 14 0 1596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00731639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10012249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0765263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0455580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.080.2956320.3618247X-RAY DIFFRACTION16.62
3.09-3.320.3757770.3115859X-RAY DIFFRACTION55.81
3.32-3.660.2981920.24971486X-RAY DIFFRACTION99.94
3.66-4.190.24291630.18821538X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.260.18961890.14641509X-RAY DIFFRACTION100
5.27-38.080.20142040.1721572X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.4765223404 Å / Origin y: -48.8526891223 Å / Origin z: -8.57149754329 Å
111213212223313233
T0.288654086906 Å2-0.0233225609523 Å20.0825493246828 Å2-0.365176514706 Å2-0.0771293996788 Å2--0.303445540868 Å2
L5.93461620086 °22.63535314208 °2-0.375493171098 °2-5.43723282322 °2-0.688519526146 °2--6.85500153551 °2
S0.472864666147 Å °-0.110764184815 Å °-0.052245222686 Å °0.852362241711 Å °-0.104477357113 Å °0.318797542102 Å °-0.339682873811 Å °0.77598339455 Å °-0.236411350383 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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