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- PDB-7b9l: MEK1 in complex with compound 23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b9l
タイトルMEK1 in complex with compound 23
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / allosteric / fragments
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants / regulation of Golgi inheritance / spindle pole body / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / protein kinase activator activity / MAPK3 (ERK1) activation / endodermal cell differentiation / face development / MAP kinase kinase activity / Bergmann glial cell differentiation / Uptake and function of anthrax toxins / thyroid gland development / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / cell motility / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / chemotaxis / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / late endosome / heart development / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / protein kinase activity / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-T4N / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kack, H. / Oster, L.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Fragment-Based Discovery of Novel Allosteric MEK1 Binders.
著者: Di Fruscia, P. / Edfeldt, F. / Shamovsky, I. / Collie, G.W. / Aagaard, A. / Barlind, L. / Borjesson, U. / Hansson, E.L. / Lewis, R.J. / Nilsson, M.K. / Oster, L. / Pemberton, J. / Ripa, L. / ...著者: Di Fruscia, P. / Edfeldt, F. / Shamovsky, I. / Collie, G.W. / Aagaard, A. / Barlind, L. / Borjesson, U. / Hansson, E.L. / Lewis, R.J. / Nilsson, M.K. / Oster, L. / Pemberton, J. / Ripa, L. / Storer, R.I. / Kack, H.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,92610
ポリマ－73,1162
非ポリマー1,8108
水7,963442
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5576
ポリマ－36,5581
非ポリマー9995
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3694
ポリマ－36,5581
非ポリマー8113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.950, 72.080, 158.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 36558.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase

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非ポリマー , 6種, 450分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-T4N / ~{N}-(4-methoxyphenyl)-2-[(2~{S})-3-oxidanylidenethiomorpholin-2-yl]ethanamide


分子量: 280.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were obtained from hanging drops by mixing a 1:1 ratio of protein solution with well solution containing 2 M AmSO4, 0.1 M NaCl and 0.1 M Bis-tris pH 6.1-6.2
PH範囲: 6.1-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→79.1 Å / Num. obs: 473128 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 22824 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E8N

3e8n


解像度: 1.7→24.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.097
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 3664 4.93 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 74282 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 131.48 Å2 / Biso mean: 40.17 Å2 / Biso min: 16.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9602 Å20 Å20 Å2
2---0.9943 Å20 Å2
3---5.9545 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→24.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4689 0 113 442 5244
Biso mean--47.75 48.93 -
残基数----595
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1805SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes863HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4956HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion624SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6140SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4956HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6689HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.41
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 68 4.58 %
Rwork0.2301 1418 -
all0.2312 1486 -
obs--98.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04830.38570.18850.66990.17270.6988-0.010.0108-0.0087-0.00860.01220.0190.04570.0848-0.00210.00610.01060.0003-0.0608-0.0146-0.0689-25.2998-8.892121.2225
20.73010.1076-0.52640.67610.01331.59430.05410.10860.0774-0.02130.0230.0834-0.1342-0.2496-0.0771-0.06170.00950.0075-0.01860.0089-0.0416-26.85134.539-13.5943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A33 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B41 - 381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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