PDB-7b9j: Lysozyme crystallized in the presence of the hydrated deep eutect...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b9j

タイトル

Lysozyme crystallized in the presence of the hydrated deep eutectic solvent Choline chloride-Urea 1:2

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / complex / lysozyme / hydrated deep eutectic solvents

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Belviso, B.D. / Caliandro, R. / Carrozzini, B.

資金援助

European Union,

イタリア, 2件

引用

ジャーナル: Acs Sustain Chem Eng / 年: 2021
タイトル: Introducing Protein Crystallization in Hydrated Deep Eutectic Solvents
著者: Belviso, B.D. / Perna, F.M. / Carrozzini, B. / Trotta, M. / Capriati, V. / Caliandro, R.

履歴

登録	2020年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b9j.cif.gz	44.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b9j.ent.gz	29.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/7b9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/7b9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bazC 7bb1C 4n9rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bvm-d 1yl0-d 4ngv-d 2lyz-d 3wua-d 4ng1-d 1vdp-2 6plb-d 1hsw-d 6ybf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.050, 80.050, 36.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-215- CL
2	1	A-222- URE
3	1	A-222- URE
4	1	A-223- URE
5	1	A-223- URE

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 125分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CHT / CHOLINE ION 分子量: 104.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-URE / UREA 分子量: 60.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: sodium chloride, sodium acetate, DES: Choline chloride/Urea

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 293 / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→56.604 Å / Num. obs: 6448 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.263 Å / 冗長度: 26.2 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 496 / CC_1/2: 0.983 / R_pim(I) all: 0.116 / R_rim(I) all: 0.59 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
Sir2014		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4n9r

4n9r

解像度: 2.2→56.604 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2247	296	4.59 %
R_work	0.1782	6148	-
obs	0.1804	6444	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.45 Å² / B_iso mean: 21.9748 Å² / B_iso min: 10.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→56.604 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	52	100	1153
B_iso mean	-	-	28.9	27.36	-
残基数	-	-	-	-	129

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.2003-2.263	0.258	155	0.1863	2981
2.7721-56.604	0.2081	141	0.1747	3167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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