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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b90 | ||||||
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タイトル | Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated, I8A mutant | ||||||
![]() | 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6 | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN / Circular permutant / native stacking / / designed amyloid fibril | ||||||
機能・相同性 | ![]() small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncate, I8A 著者: Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 425 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 355.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 522.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 543.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1risS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10089.470 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpsF, TTHA0245 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→72.665 Å / Num. obs: 39668 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1Ris 解像度: 2.05→72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 20.912 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.033 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.63 Å2 / Biso mean: 37.162 Å2 / Biso min: 9.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.051→2.104 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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