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- PDB-7b8b: ADPG2 - ENDOPOLYGALACTURONASE FROM ARABIDOPSIS THALIANA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b8b
タイトルADPG2 - ENDOPOLYGALACTURONASE FROM ARABIDOPSIS THALIANA
要素Polygalacturonase ADPG2
キーワードHYDROLASE / Pectinase / Beta-sheets / GH28
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall modification involved in abscission / fruit dehiscence / endo-polygalacturonase / floral organ abscission / anther dehiscence / polygalacturonase activity / pectin catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Polygalacturonase active site. / Glycoside hydrolase, family 28 / Glycosyl hydrolases family 28 / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Polygalacturonase ADPG2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Safran, J. / Tabi, W. / Habrylo, O. / Bouckaert, J. / Lefebvre, V. / Senechal, F. / Pelloux, J.
資金援助European Union, フランス, 2件
組織認可番号国
European Regional Development FundEuropean Union
Agence Nationale de la Recherche (ANR)CARAPEC-Region Hauts de France フランス
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2023
タイトル: Plant polygalacturonase structures specify enzyme dynamics and processivities to fine-tune cell wall pectins.
著者: Safran, J. / Tabi, W. / Ung, V. / Lemaire, A. / Habrylo, O. / Bouckaert, J. / Rouffle, M. / Voxeur, A. / Pongrac, P. / Bassard, S. / Molinie, R. / Fontaine, J.X. / Pilard, S. / Pau-Roblot, C. ...著者: Safran, J. / Tabi, W. / Ung, V. / Lemaire, A. / Habrylo, O. / Bouckaert, J. / Rouffle, M. / Voxeur, A. / Pongrac, P. / Bassard, S. / Molinie, R. / Fontaine, J.X. / Pilard, S. / Pau-Roblot, C. / Bonnin, E. / Larsen, D.S. / Morel-Rouhier, M. / Girardet, J.M. / Lefebvre, V. / Senechal, F. / Mercadante, D. / Pelloux, J.
履歴
登録2020年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polygalacturonase ADPG2
B: Polygalacturonase ADPG2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4663
ポリマ－90,3712
非ポリマー951
水17,997999
1
A: Polygalacturonase ADPG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1851
ポリマ－45,1851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polygalacturonase ADPG2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2802
ポリマ－45,1851
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.780, 88.560, 113.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 40 through 90 or resid 92...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 40 through 90 or resid 92...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11THRTHRLYSLYSAA40 - 9040 - 90
d_12ILEILELEULEUAA92 - 9492 - 94
d_13GLYGLYLYSLYSAA96 - 17796 - 177
d_14LEULEULEULEUAA179179
d_15ILEILESERSERAA180 - 205180 - 205
d_16VALVALTHRTHRAA207 - 224207 - 224
d_17THRTHRGLYGLYAA226 - 237226 - 237
d_18GLYGLYGLYGLYAA239239
d_19ASPASPILEILEAA240 - 243240 - 243
d_110ILEILEILEILEAA245245
d_111SERSERGLNGLNAA247 - 253247 - 253
d_112ASNASNASNASNAA255255
d_113ASPASPILEILEAA256 - 257256 - 257
d_114GLYGLYGLYGLYAA260260
d_115PROPROGLYGLYAA261 - 306261 - 306
d_116ALAALAALAALAAA308308
d_117ASNASNALAALAAA310 - 359310 - 359
d_118GLUGLUGLUGLUAA361361
d_119ASNASNALAALAAA362 - 401362 - 401
d_120LEULEULEULEUAA403403
d_121PROPROCYSCYSAA404 - 406404 - 406
d_21THRTHRLYSLYSBB40 - 9040 - 90
d_22ILEILEILEILEBB9292
d_23GLNGLNLEULEUBB93 - 9493 - 94
d_24GLYGLYGLYGLYBB9696
d_25PROPROLYSLYSBB97 - 17797 - 177
d_26LEULEUSERSERBB179 - 205179 - 205
d_27VALVALVALVALBB207207
d_28VALVALTHRTHRBB208 - 224208 - 224
d_29THRTHRTHRTHRBB226226
d_210GLNGLNGLYGLYBB227 - 237227 - 237
d_211GLYGLYILEILEBB239 - 243239 - 243
d_212ILEILEILEILEBB245245
d_213SERSERGLNGLNBB247 - 253247 - 253
d_214ASNASNILEILEBB255 - 257255 - 257
d_215GLYGLYGLYGLYBB260 - 306260 - 306
d_216ALAALAALAALABB308308
d_217ASNASNASNASNBB310310
d_218ILEILEALAALABB311 - 359311 - 359
d_219GLUGLUALAALABB361 - 401361 - 401
d_220LEULEUCYSCYSBB403 - 406403 - 406

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.398695745494, -0.780964916558, 0.480765537065), (-0.737797723669, -0.584511223688, -0.337640560851), (0.544698284808, -0.220091863748, -0.80923627578)ベクター: 4. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.398695745494, -0.780964916558, 0.480765537065), (-0.737797723669, -0.584511223688, -0.337640560851), (0.544698284808, -0.220091863748, -0.80923627578)
ベクター: 4.02874859792, 24.1953872733, 16.9363313432)

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要素

#1: タンパク質 Polygalacturonase ADPG2 / PG ADPG2 / Pectinase ADPG2 / Protein ARABIDOPSIS DEHISCENCE ZONE POLYGALACTURONASE 2


分子量: 45185.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ADPG2, PGAZAT, At2g41850, T11A7.5 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q8RY29, endo-polygalacturonase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 999 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium malonate dibasic monohydrate, 20 % w/v PEG 3350 (E12 condition, PACT premier plate)

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→47.9 Å / Num. obs: 47350 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.021 / Rrim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.11 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Num. unique obs: 4654 / CC1/2: 0.893 / Rrim(I) all: 0.456 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
pointlessデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B7A

7b7a


解像度: 2.03→47.89 Å / SU ML: 0.2413 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.3408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 2368 5 %
Rwork0.188 44975 -
obs0.1901 47343 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5459 0 5 1057 6521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00565653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89927693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0601909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.92742065
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.34494034999 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.070.331350.29032566X-RAY DIFFRACTION98.87
2.07-2.120.28611380.26282624X-RAY DIFFRACTION99.96
2.12-2.170.27471370.24942592X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.220.25381370.2322611X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.280.28011390.21932633X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.350.26811360.2112586X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.430.30241390.21122638X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.510.27641380.19752624X-RAY DIFFRACTION99.96
2.51-2.610.23461380.19162626X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.730.23171390.18632642X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.880.231390.19372638X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.060.25031390.19022641X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.290.19871400.17492654X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.620.19741400.15662663X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.150.18021410.14422676X-RAY DIFFRACTION100
4.15-5.220.16471430.13192724X-RAY DIFFRACTION99.86
5.23-47.890.25361500.21122837X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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