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- PDB-7b7p: PilB minor pilin from Streptococcus sanguinis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b7p
タイトルPilB minor pilin from Streptococcus sanguinis
要素Type IV pilus biogenesis protein PilB
キーワードCELL ADHESION / type IV pili / pilin / von Willebrand factor A-like domain / MIDAS
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / membrane
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV pilus biogenesis protein PilB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Pelicic, V. / Sheppard, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P022197/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: PilB from Streptococcus sanguinis is a bimodular type IV pilin with a direct role in adhesion.
著者: Raynaud, C. / Sheppard, D. / Berry, J.L. / Gurung, I. / Pelicic, V.
履歴
登録2020年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV pilus biogenesis protein PilB
B: Type IV pilus biogenesis protein PilB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0286
ポリマ－94,9092
非ポリマー1204
水1,53185
1
A: Type IV pilus biogenesis protein PilB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5143
ポリマ－47,4541
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type IV pilus biogenesis protein PilB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5143
ポリマ－47,4541
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.380, 124.380, 140.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Type IV pilus biogenesis protein PilB


分子量: 47454.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis (バクテリア)
遺伝子: pilB, SSV_2238 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B7GP99
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-tris propane (pH 7.0), 3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→56.9 Å / Num. obs: 57372 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / Num. unique obs: 2784 / CC1/2: 0.244 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXversion 1.17.1精密化
xia23diiデータ削減
xia23diiデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SelenoMet

解像度: 2.26→56.88 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 --
Rwork0.205 --
obs-54391 99.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 80.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→56.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6576 0 4 85 6665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00796682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98829010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.25052500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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