PDB-7b6a: BK Polyomavirus VP1 pentamer core (residues 30-299)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b6a

タイトル

BK Polyomavirus VP1 pentamer core (residues 30-299)

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Polyomavirus / Capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

BK polyomavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Osipov, E.M. / Munawar, A. / Beelen, S. / Strelkov, S.V.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Discovery of novel druggable pockets on polyomavirus VP1 through crystallographic fragment-based screening to develop capsid assembly inhibitors.
著者: Osipov, E.M. / Munawar, A.H. / Beelen, S. / Fearon, D. / Douangamath, A. / Wild, C. / Weeks, S.D. / Van Aerschot, A. / von Delft, F. / Strelkov, S.V.

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月31日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b6a.cif.gz	510.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b6a.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7b69C 7b6cC 4mj0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.622, 149.719, 65.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	AAA	A	32 - 297	3 - 268
2	1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	BBB	B	32 - 297	3 - 268
3	2	2	GLU	GLU	ASN	ASN	AAA	A	33 - 297	4 - 268
4	2	2	GLU	GLU	ASN	ASN	CCC	C	33 - 297	4 - 268
5	3	3	VAL	VAL	LYS	LYS	AAA	A	32 - 296	3 - 267
6	3	3	VAL	VAL	LYS	LYS	DDD	D	32 - 296	3 - 267
7	4	4	VAL	VAL	ASN	ASN	AAA	A	32 - 297	3 - 268
8	4	4	VAL	VAL	ASN	ASN	EEE	E	32 - 297	3 - 268
9	5	5	GLU	GLU	LYS	LYS	BBB	B	33 - 296	4 - 267
10	5	5	GLU	GLU	LYS	LYS	CCC	C	33 - 296	4 - 267
11	6	6	VAL	VAL	LYS	LYS	BBB	B	32 - 296	3 - 267
12	6	6	VAL	VAL	LYS	LYS	DDD	D	32 - 296	3 - 267
13	7	7	VAL	VAL	ASN	ASN	BBB	B	32 - 297	3 - 268
14	7	7	VAL	VAL	ASN	ASN	EEE	E	32 - 297	3 - 268
15	8	8	GLU	GLU	LYS	LYS	CCC	C	33 - 296	4 - 267
16	8	8	GLU	GLU	LYS	LYS	DDD	D	33 - 296	4 - 267
17	9	9	GLU	GLU	ASN	ASN	CCC	C	33 - 297	4 - 268
18	9	9	GLU	GLU	ASN	ASN	EEE	E	33 - 297	4 - 268
19	10	10	VAL	VAL	VAL	VAL	DDD	D	32 - 295	3 - 266
20	10	10	VAL	VAL	VAL	VAL	EEE	E	32 - 295	3 - 266

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20

-
タンパク質 , 1種, 5分子 AAABBBCCCDDDEEE

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 29720.428 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BK polyomavirus (ウイルス) / プラスミド: pETSUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03088

-
非ポリマー , 5種, 1566分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 10% PEG 3350, 0.2 M NaJ, 0.1 M bis-tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9768 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 245801 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.44→1.49 Å / 冗長度: 11.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 24335 / CC_1/2: 0.62 / R_pim(I) all: 0.562 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4mj0

4mj0

解像度: 1.44→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.602 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1858	4820	1.957 %
R_work	0.1621	241527	-
all	0.163	-	-
obs	-	245801	99.97 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.343 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.144 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.339 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.484 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10145	0	79	1523	11747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	10667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	9963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.851	1.648	14538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.534	1.577	23013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.409	5	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.905	22.967	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.322	15	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.872	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	12291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	10327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	5170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	5931
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.16	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.371	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.276	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.168	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.321	1.395	5340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.321	1.394	5339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.215	2.083	6683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.214	2.084	6684
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.988	1.6	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.988	1.6	5325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.996	2.315	7819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.996	2.315	7820
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.754	18.911	12185
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.754	18.915	12186
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.103	0.05	7800
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.099	0.05	7924
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.099	0.05	8138
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.12	0.05	7953
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.098	0.05	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.098	0.05	7744
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.085	0.05	7802
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.098	0.05	7870
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.106	0.05	7781
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.112	0.05	7893

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10348	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10348	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09947	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09947	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09892	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09892	0.05009
4	7	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11959	0.05009
4	8	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11959	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09754	0.05009
5	10	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09754	0.05009
6	11	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09841	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09841	0.05009
7	13	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08547	0.05009
7	14	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08547	0.05009
8	15	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09827	0.05009
8	16	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09827	0.05009
9	17	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10576	0.05009
9	18	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10576	0.05009
10	19	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11206	0.05009
10	20	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11206	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.517	0.313	334	0.296	17286	X-RAY DIFFRACTION	99.9773
1.517-1.561	0.272	351	0.25	16799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.561-1.609	0.241	314	0.227	16307	X-RAY DIFFRACTION	99.994
1.609-1.661	0.224	293	0.205	15818	X-RAY DIFFRACTION	99.9938
1.661-1.72	0.212	296	0.191	15383	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.785	0.191	293	0.171	14774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.785-1.857	0.171	270	0.16	14258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.857-1.94	0.168	269	0.149	13719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.035	0.171	260	0.145	13066	X-RAY DIFFRACTION	99.9925
2.035-2.145	0.168	263	0.139	12489	X-RAY DIFFRACTION	100
2.145-2.275	0.18	246	0.142	11797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.275-2.432	0.175	226	0.139	11134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.432-2.626	0.178	223	0.151	10368	X-RAY DIFFRACTION	99.9906
2.626-2.877	0.188	204	0.16	9547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.877-3.216	0.164	176	0.153	8679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.216-3.713	0.164	145	0.133	7728	X-RAY DIFFRACTION	99.9873
3.713-4.546	0.144	126	0.122	6587	X-RAY DIFFRACTION	99.9851
4.546-6.422	0.198	117	0.161	5139	X-RAY DIFFRACTION	100
6.422-32	0.21	72	0.21	2965	X-RAY DIFFRACTION	99.2808

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3735	-0.0642	0.0869	0.2801	0.0281	0.2704	-0.0149	0.0486	0.0705	0.0166	-0.0094	0.0581	-0.0369	0.011	0.0244	0.0085	0.0057	0.0026	0.0383	0.0254	0.131	164.7038	193.3432	17.4987
2	0.4455	-0.0776	-0.0526	0.358	-0.0263	0.3328	-0.0006	0.0648	0.1542	0.0163	0.021	-0.0849	-0.0086	0.0123	-0.0204	0.0016	-0.003	-0.0002	0.0424	0.0236	0.1647	194.1397	193.0519	18.3966
3	0.4981	0.1096	0.0544	0.4677	-0.0054	0.2498	-0.019	0.0796	-0.0031	-0.03	0.0254	-0.1145	0.0308	0.0337	-0.0063	0.0073	0.0042	0.0069	0.0395	-0.0088	0.1237	202.3044	165.9967	14.7668
4	0.2564	-0.0613	-0.0231	0.4951	0.0378	0.3208	-0.0033	0.0413	-0.0728	-0.0293	0.0153	0.0058	0.0144	-0.0221	-0.012	0.0028	-0.0033	-0.0022	0.029	-0.0129	0.1165	178.9347	148.936	13.0402
5	0.2981	-0.1298	-0.0381	0.563	0.0552	0.3353	0.0205	0.0609	-0.0732	-0.003	-0.0252	0.1818	-0.0159	-0.0568	0.0047	0.0025	0.0094	-0.0061	0.0599	0.0003	0.1728	155.1907	166.3252	15.3401

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	32 - 297
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	30 - 297
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	33 - 299
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	32 - 296
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	32 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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