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- PDB-7b3n: AmiP amidase-3 from Thermus parvatiensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b3n
タイトルAmiP amidase-3 from Thermus parvatiensis
要素Cell wall hydrolase
キーワードHYDROLASE / amidase-3 thermophilic
機能・相同性: / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / Cell wall hydrolase
機能・相同性情報
生物種Thermus parvatiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.793 Å
データ登録者Freitag-Pohl, S. / Pohl, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)685778 英国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: AmiP from hyperthermophilic Thermus parvatiensis prophage is a thermoactive and ultrathermostable peptidoglycan lytic amidase.
著者: Jasilionis, A. / Plotka, M. / Wang, L. / Dorawa, S. / Lange, J. / Watzlawick, H. / van den Bergh, T. / Vroling, B. / Altenbuchner, J. / Kaczorowska, A.K. / Pohl, E. / Kaczorowski, T. / ...著者: Jasilionis, A. / Plotka, M. / Wang, L. / Dorawa, S. / Lange, J. / Watzlawick, H. / van den Bergh, T. / Vroling, B. / Altenbuchner, J. / Kaczorowska, A.K. / Pohl, E. / Kaczorowski, T. / Nordberg Karlsson, E. / Freitag-Pohl, S.
履歴
登録2020年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell wall hydrolase
B: Cell wall hydrolase
C: Cell wall hydrolase
D: Cell wall hydrolase
E: Cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,55529
ポリマ－95,9795
非ポリマー2,57624
水4,504250
1
A: Cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7116
ポリマ－19,1961
非ポリマー5155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7780 Å2
手法PISA
2
B: Cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8656
ポリマ－19,1961
非ポリマー6705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
3
C: Cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6155
ポリマ－19,1961
非ポリマー4194
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
4
D: Cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7846
ポリマ－19,1961
非ポリマー5885
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
5
E: Cell wall hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5816
ポリマ－19,1961
非ポリマー3855
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.539, 97.988, 148.723
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Cell wall hydrolase / Cell wall hydrolase/autolysin


分子量: 19195.770 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus parvatiensis (バクテリア)
遺伝子: AV541_09585, RLTM_01600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H7GE39

-
非ポリマー , 7種, 274分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M hepes pH 7.8, 65 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.2824 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2824 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→46.53 Å / Num. obs: 86433 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.79→1.83 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 1.132 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3209 / CC1/2: 0.283 / Rpim(I) all: 1.132 / Rrim(I) all: 1.601 / Χ2: 1.21 / % possible all: 69.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
xia2データ削減
AutoSol位相決定
autoSHARP位相決定
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.793→43.679 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.336 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 4282 4.96 %Random selection
Rwork0.1848 82055 --
all0.187 ---
obs-86337 96.825 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.893 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.132 Å2-0 Å20 Å2
2--0.067 Å20 Å2
3---0.064 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.793→43.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6302 0 139 251 6692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.6569135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3931.56714202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1035865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.79417.938354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10615898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4011583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.25534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.23259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.22975
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1490.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0690.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1080.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1490.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1953.9523395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1943.9513394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1895.9124242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.195.9134243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0984.3943285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0494.3833271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.896.444879
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8146.4254862
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.45847.977453
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.4647.9767454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.793-1.8390.3672320.3934441X-RAY DIFFRACTION71.7378
1.839-1.890.3442600.3545196X-RAY DIFFRACTION86.3155
1.89-1.9440.3143150.3015795X-RAY DIFFRACTION99.1883
1.944-2.0040.2813090.2525708X-RAY DIFFRACTION99.917
2.004-2.070.2563100.2235534X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.1420.2352760.2015361X-RAY DIFFRACTION99.9823
2.142-2.2230.2122890.1775188X-RAY DIFFRACTION99.9453
2.223-2.3140.2292580.1714976X-RAY DIFFRACTION99.9427
2.314-2.4170.2092470.1634782X-RAY DIFFRACTION99.9801
2.417-2.5350.2072540.1614562X-RAY DIFFRACTION99.9378
2.535-2.6720.2522100.1754403X-RAY DIFFRACTION100
2.672-2.8340.2091970.1634153X-RAY DIFFRACTION99.954
2.834-3.030.1971980.1563912X-RAY DIFFRACTION99.9757
3.03-3.2720.2381670.1613692X-RAY DIFFRACTION99.9741
3.272-3.5840.2031950.1623353X-RAY DIFFRACTION99.9718
3.584-4.0070.2111500.1583062X-RAY DIFFRACTION100
4.007-4.6270.1881590.1562709X-RAY DIFFRACTION99.9651
4.627-5.6650.2241150.1992317X-RAY DIFFRACTION99.8768
5.665-8.0060.251870.2111853X-RAY DIFFRACTION100
8.006-430.246540.2191058X-RAY DIFFRACTION97.6295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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