[日本語] English
万見
- PDB-7b3m: MEK1 in complex with compound 6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b3m
タイトルMEK1 in complex with compound 6
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / allosteric / fragments
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / mitogen-activated protein kinase kinase / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / MAP-kinase scaffold activity / positive regulation of muscle contraction ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / mitogen-activated protein kinase kinase / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / MAP-kinase scaffold activity / positive regulation of muscle contraction / labyrinthine layer development / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / melanosome transport / type B pancreatic cell proliferation / Signaling by MAP2K mutants / vesicle transport along microtubule / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / central nervous system neuron differentiation / triglyceride homeostasis / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / endodermal cell differentiation / face development / MAP kinase kinase activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / Bergmann glial cell differentiation / Uptake and function of anthrax toxins / thyroid gland development / neuron projection morphogenesis / protein kinase activator activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / response to axon injury / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / dendrite cytoplasm / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to glucocorticoid / thymus development / protein serine/threonine kinase activator activity / Signal transduction by L1 / cell motility / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / small GTPase binding / neuron differentiation / chemotaxis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular senescence / late endosome / MAPK cascade / heart development / response to oxidative stress / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / cell cortex / perikaryon / microtubule / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / postsynaptic density / ciliary basal body / positive regulation of cell migration / axon / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 1~{H}-indol-2-yl(pyridin-3-yl)methanone / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kack, H. / Oster, L.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Fragment-Based Discovery of Novel Allosteric MEK1 Binders.
著者: Di Fruscia, P. / Edfeldt, F. / Shamovsky, I. / Collie, G.W. / Aagaard, A. / Barlind, L. / Borjesson, U. / Hansson, E.L. / Lewis, R.J. / Nilsson, M.K. / Oster, L. / Pemberton, J. / Ripa, L. / ...著者: Di Fruscia, P. / Edfeldt, F. / Shamovsky, I. / Collie, G.W. / Aagaard, A. / Barlind, L. / Borjesson, U. / Hansson, E.L. / Lewis, R.J. / Nilsson, M.K. / Oster, L. / Pemberton, J. / Ripa, L. / Storer, R.I. / Kack, H.
履歴
登録2020年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7189
ポリマ－73,1162
非ポリマー1,6027
水2,756153
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4075
ポリマ－36,5581
非ポリマー8494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3114
ポリマ－36,5581
非ポリマー7533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.685, 71.916, 157.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1,Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 36558.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase

-
非ポリマー , 5種, 160分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-SU5 / 1~{H}-indol-2-yl(pyridin-3-yl)methanone


分子量: 222.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MEK1 was prepared in buffer containing 25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol and 1 mM TCEP at a concentration of 10 mg/ml mixed with 2 mM MgCl2 and 2 mM AMP-PNP, and incubated at room ...詳細: MEK1 was prepared in buffer containing 25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol and 1 mM TCEP at a concentration of 10 mg/ml mixed with 2 mM MgCl2 and 2 mM AMP-PNP, and incubated at room temperature for 30 minutes. Crystals were obtained from hanging drops by mixing a 1:1 ratio of protein solution with well solution containing 2 M AmSO4, 0.1 M NaCl and 0.1 M Bis-tris pH 6.1-6.2 at room temperature.
PH範囲: 6.1-6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→157 Å / Num. obs: 28130 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 2865 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E8N

3e8n


解像度: 2.3→78.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU R Cruickshank DPI: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.418 / SU Rfree Blow DPI: 0.265 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.265
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1387 4.94 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.22 28061 93.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 117.35 Å2 / Biso mean: 26.21 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.676 Å20 Å20 Å2
2---0.624 Å20 Å2
3----4.0521 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→78.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4739 0 103 153 4995
Biso mean--29.59 20.07 -
残基数----601
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1784SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes861HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4937HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion617SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5822SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4937HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6652HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.05
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 33 5.87 %
Rwork0.2536 529 -
all0.2537 562 -
obs--98.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0062-0.4447-0.14780.65260.13790.9012-0.0297-0.00650.00880.01120.02070.04340.0220.12430.0090.0581-0.0048-0.002-0.0867-0.0227-0.1393-24.98578.6559-21.2768
21.2427-0.11940.77790.9982-0.14312.25380.0559-0.1969-0.1490.01390.05110.16620.1617-0.3255-0.107-0.0538-0.0072-0.015-0.087-0.0084-0.1587-27.0793-4.948413.8128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A33 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B37 - 382

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る