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- PDB-7b2r: Crystal structure of NHL domain of TRIM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2r
タイトルCrystal structure of NHL domain of TRIM2
要素Tripartite motif-containing protein 2
キーワードLIGASE / E3 ligase / NHL domain / TRIM / protein-protein interaction / beta propeller / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuron apoptotic process / cellular response to leukemia inhibitory factor / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / Interferon gamma signaling / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains ...: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of NHL domain of TRIM2
著者: Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 2
B: Tripartite motif-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,07111
ポリマ－59,5122
非ポリマー5599
水7,656425
1
A: Tripartite motif-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8803
ポリマ－29,7561
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tripartite motif-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1918
ポリマ－29,7561
非ポリマー4347
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.620, 44.223, 68.230
Angle α, β, γ (deg.)74.060, 86.930, 62.380
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 468 - 739 / Label seq-ID: 5 - 276

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 2 / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM2 / RING finger protein 86 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM2


分子量: 29756.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM2, KIAA0517, RNF86 / プラスミド: pGTVL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9C040, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% Medium molecular weight PEG Smears, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→38.5 Å / Num. obs: 52021 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.6-1.644.90.2275.138880.9620.1310.29392.1
7.16-38.54.60.0586060.9970.0280.06494.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6d69

6d69


解像度: 1.6→38.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.377 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.1021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1927 2555 4.9 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
obs0.1576 49455 91.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.55 Å2 / Biso mean: 22.533 Å2 / Biso min: 12.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0.28 Å20.71 Å2
2---0.4 Å2-0.32 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4159 0 40 425 4624
Biso mean--36.88 33.61 -
残基数----549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0134351
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.6325882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4251.5879319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2395574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.52123.391233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91515687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6681522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021087
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8470 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 174 -
Rwork0.2 3707 -
all-3881 -
obs--92.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51720.37091.01471.51130.21071.2869-0.02460.12670.1349-0.1102-0.01380.1170.0047-0.07910.03850.05830.00830.03670.02810.01670.0558-0.432723.7128.075
21.4373-0.3230.94134.1156-2.54413.6297-0.01110.1509-0.0305-0.4068-0.0058-0.00290.1414-0.13940.01690.131-0.01740.03940.09-0.01210.0708-3.39195.299324.0653
31.79970.37840.26033.38260.67220.94190.01080.1086-0.1347-0.0149-0.0274-0.1960.18130.05920.01660.04920.01190.02580.03660.02120.062911.11589.477232.6064
41.58580.2135-0.01592.2893-0.2330.9419-0.0018-0.1445-0.09180.1382-0.0246-0.13740.00980.04840.02630.0177-0.00290.00670.03890.01120.03826.83578.731965.3587
53.47290.33381.7342.4602-0.32894.64390.0152-0.287-0.17390.1257-0.11060.00350.1546-0.21890.09540.0305-0.01320.03080.02980.0020.0796-5.5967-5.90360.4658
61.99450.77780.14391.9428-0.00220.7082-0.0467-0.04410.0484-0.00030.02730.1674-0.0211-0.12750.01940.00660.00760.00920.02580.00510.0329-9.315510.73454.6366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A465 - 578
2X-RAY DIFFRACTION2A579 - 627
3X-RAY DIFFRACTION3A628 - 740
4X-RAY DIFFRACTION4B468 - 573
5X-RAY DIFFRACTION5B574 - 625
6X-RAY DIFFRACTION6B626 - 740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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